安装并使用 RPy2（使用 conda），以便它使用 /usr/lib/RR 中的默认 R 安装

Question

我想使用 RPy2 从 Python 中的 R 包中调用函数。我使用 conda 安装了 RPy2 并意识到它在 conda 中安装了 R 的新副本......我不想要那个。我只想拥有并使用一个 R，这是 /usr/lib/R 中的默认值。

怎么做？如何强制 conda 和 Python 以及 RPy2 使用安装在 /usr/lib/R 中的默认 R？

Answer 1

不要使用conda install安装 rpy2，只需使用pip install rpy2. 以下是您在 rpy2 之前可能需要安装的一些附加软件包：

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conda install -y PyHamcrest\nsudo apt-get install -y libreadline6-dev\npip install rpy2\n

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一些注意事项：

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1. which pip应该参考 anaconda 的路径。

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2. 在安装 .R 文件之前，应正确设置 R 的环境变量（R_HOME 和 PATH）rpy2。

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3. 安装完成后，调用时可能会遇到错误import rpy2.robjects as robjects：

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   RRuntimeWarning: 错误: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 中的 \xe2\x80\x98stats\xe2\x80\x99 的包或命名空间加载失败:\n无法加载共享对象 \'/usr/local /lib/R/library/stats/libs/stats.so\':\nlibRlapack.so: 无法打开共享对象文件: 没有这样的文件或目录

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为了解决这个问题，我在如何解决错误中找到了解决方案 - libRlapack.so: 无法打开共享对象文件: 没有这样的文件或目录

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您需要找到您的libRlapack.so文件（在我的例子中，该文件位于/usr/local/lib/R/lib/），或者以下命令应显示该文件的路径：

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R CMD ldd /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so\n

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然后将此路径写入/etc/ld.so.conf.d/libR.conf然后运行ldconfig：

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echo "/usr/local/lib/R/lib/" >> /etc/ld.so.conf.d/libR.conf && ldconfig\n

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这应该可以解决问题。

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