无法导入在新的Conda环境中安装的软件包

Question

我正在尝试在HPC服务器上创建自己的conda python环境，并且正在发生一些非常奇怪的事情。

问题

创建新的conda环境后，似乎python在该环境中看不见自己，在使用基本环境...因此，我无法使用在新环境中安装的软件包，但可以在基本环境中看到它们。 。

这是我所做的

我按照以下步骤安装我的环境：

$ conda create -n niml pip python=3.6.5
$ source activate niml
(niml) $ conda install -c conda-forge luigi

然后检查安装的软件包：

(niml) $ conda list

这是我得到的非常基本的环境：

# Name                    Version                   Build  Channel
botocore                  1.10.61                    py_0    conda-forge
ca-certificates           2018.4.16                     0    conda-forge
certifi                   2018.4.16                py36_0    conda-forge
docutils                  0.14                     py36_0    conda-forge
jmespath                  0.9.3                      py_1    conda-forge
libedit                   3.1.20170329         h6b74fdf_2
libffi                    3.2.1                hd88cf55_4
libgcc-ng                 7.2.0                hdf63c60_3
libstdcxx-ng              7.2.0                hdf63c60_3
lockfile                  0.12.2                     py_1    conda-forge
luigi                     2.7.6                    py36_0    conda-forge
ncurses                   6.1                  hf484d3e_0
openssl                   1.0.2o                        0    conda-forge
pip                       10.0.1                   py36_0
pyparsing                 2.2.0                      py_1    conda-forge
python                    3.6.5                hc3d631a_2
python-daemon             2.1.2                    py36_0
python-dateutil           2.7.3                      py_0    conda-forge
readline                  7.0                  ha6073c6_4
setuptools                39.2.0                   py36_0
six                       1.11.0                   py36_1    conda-forge
sqlite                    3.24.0               h84994c4_0
tk                        8.6.7                hc745277_3
tornado                   4.5.3                    py36_0    conda-forge
wheel                     0.31.1                   py36_0
xz                        5.2.4                h14c3975_4
zlib                      1.2.11               ha838bed_2

然后我尝试运行python并导入安装的软件包，luigi但没有发现错误。

(niml) $ python

>>> import luigi
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'luigi'

我还尝试导入numpy在基本环境中而不是在新环境中的文件，并且它可以正常工作。

>>> import numpy

以上工作正常，这意味着python认为它正在基本环境中运行。

我自己的环境中的Python正在运行

我检查了正在执行的python，它确实是新环境中的一个niml：

>>> import sys
>>> sys.executable

'~/.conda/envs/niml/bin/python'

也从命令行检查，它是环境中的python可执行文件：

(niml) $ which python

~/.conda/envs/niml/bin/python

我在HPC上运行

我之前已经创建了anaconda环境数百次，但从未遇到过此问题。唯一的区别是我使用的是HPC服务器，因此我必须进行如下操作：

module load python/anaconda3

这是我从通常的工作流程中看到的唯一可能导致此问题的区别...

其他人以前见过这个问题并能够解决吗？

Answer 1

我试图解决类似的问题，并通过 virtualenv 而不是使用 conda 环境解决了这个问题。我相信 Anaconda 和你的机器之间存在冲突，因为两者都认为他们正在控制你的新环境，而在 virtualenv 中设置新环境似乎可以修复。

如果有帮助，请了解如何使用 virtualenv 设置环境。如果您还没有新环境，请为您的新环境创建一个位置：

mkdir ~/virtualenvironment

设置您的虚拟环境：

virtualenv ~/virtualenvironment/niml/ --python=python3.6.5

激活您的环境：

source bin/activate

确保您已安装所需的任何软件包：

pip install luigi

检查包在 python 中是否正确导入：

python
import luigi

停用：

source deactivate