t-SNE映射为2D或3D图

Question

features =  ["Ask1", "Bid1", "smooth_midprice", "BidSize1", "AskSize1"]

client = InfluxDBClient(host='127.0.0.1', port=8086, database='data',
                        username=username, password=password)

series = "DCIX_2016_11_15"

sql = "SELECT * FROM {} where time  >= '{}' AND time <= '{}' ".format(series,FROMT,TOT)

df = pd.DataFrame(client.query(sql).get_points())

#Separating out the features
X = df.loc[:, features].values

# Standardizing the features
X = StandardScaler().fit_transform(X)

tsne = TSNE(n_components=3, n_jobs=5).fit_transform(X)

我想将5个要素映射到2D或3D图中。我有点困惑该怎么做。我如何根据这些信息绘制图？

Answer 1

您已经完成了大部分工作。t-SNE是用于理解高维数据的常见可视化工具，现在，变量tsne是一个数组，其中每一行代表从获得的嵌入中获得的一组（x，y，z）坐标。如果愿意，可以使用其他可视化效果，但是t-SNE可能是一个很好的起点。

就实际看到的结果而言，即使您有可用的坐标，仍需要以某种方式绘制它们。该matplotlib库是一个不错的选择，而这正是我们将在这里使用。

要以2D绘图，您有两个选择。您可以保持大多数代码不变，而只需执行2D t-SNE

tsne = TSNE(n_components=2, n_jobs=5).fit_transform(X)

或者，您可以只使用现有的组件，一次只查看其中两个。以下代码段应处理两种情况：

import matplotlib.pyplot as plt

plt.scatter(*zip(*tsne[:,:2]))
plt.show()

该zip(*...)调换你的数据，这样就可以通过X坐标和Y坐标分别以scatter()，和[:,:2]一块选择两个坐标图。如果您的数据已经是2D，则可以忽略它，或者可以用类似[:,[0,2]]的视图代替它，例如，查看高维数据中的第0个和第2个特征，而不仅仅是前2个。

要以3D绘图，代码看起来几乎相同，至少对于最小版本而言。

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

ax.scatter(*zip(*tsne))
plt.show()

主要区别在于使用3D绘图库和制作3D子图。

添加颜色：如果以某种方式对它们进行颜色编码，则t-SNE可视化通常会更有用。一个例子可能是您当前存储在中的平滑中间价X[:,2]。对于探索性的可视化，我发现2D图更有用，因此我将其用作示例：

plt.scatter(*zip(*tsne[:,:2]), c=X[:,2])

您仍然需要导入和其他功能，但是通过传递关键字参数c，可以对散点图进行颜色编码。要调整数字数据的显示方式，可以使用其他颜色图，如下所示：

plt.scatter(*zip(*tsne[:,:2]), c=X[:,2], cmap='RdBu')

顾名思义，此颜色图由红色和蓝色之间的渐变组成，并且较低的值X[:,2]将对应于红色。