如何在“emmeans”中设置置信区间

Question

我一直在使用 emmeans 包为我的数据创建一个估计的边际均值，置信度为 0.95%。虽然我似乎无法将其更改为 0.99% 的置信度。任何帮助将非常感激。通常我会使用“levels=”函数，但它似乎不存在于emmeans。

library(emmeans)

emmeans(AcidLevels1, specs=~MAScore,)

最好的，-内森

Answer 1

emmeans提供confint.emmGrid重新计算置信区间的方法，并且（可能更重要的是）还可以针对多个假设检验进行调整。

由于您没有提供示例数据，这里是一个使用warpbreaks数据的示例。

library(emmeans)
lm <- lm(breaks ~ wool * tension, data = warpbreaks)
emm <- emmeans(lm, ~ wool | tension);

要重新计算 99% 水平的置信区间（不校正多重测试），请执行

confint(emm, adjust = "none", level = 0.99)
#tension = L:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    44.55556 3.646761 48 34.77420 54.33691
# B    28.22222 3.646761 48 18.44086 38.00358
#
#tension = M:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.00000 3.646761 48 14.21864 33.78136
# B    28.77778 3.646761 48 18.99642 38.55914
#
#tension = H:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.55556 3.646761 48 14.77420 34.33691
# B    18.77778 3.646761 48  8.99642 28.55914
#
#Confidence level used: 0.99

要在 99% 水平重新计算 CI并使用 Bonferroni 校正对多重假设检验进行校正，您可以执行以下操作

confint(emm, adjust = "bonferroni", level = 0.99)
#tension = L:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    44.55556 3.646761 48 33.82454 55.28657
# B    28.22222 3.646761 48 17.49120 38.95324
#
#tension = M:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.00000 3.646761 48 13.26898 34.73102
# B    28.77778 3.646761 48 18.04676 39.50880
#
#tension = H:
# wool   emmean       SE df lower.CL upper.CL
# A    24.55556 3.646761 48 13.82454 35.28657
# B    18.77778 3.646761 48  8.04676 29.50880
#
#Confidence level used: 0.99
#Conf-level adjustment: bonferroni method for 2 estimates