使用 dplyr 在 R 中调用 prop.test 函数

Question

我正在尝试计算几个二项式比例置信区间。我的数据位于数据框中，虽然我可以成功地estimate从 返回的对象中提取 ，但在数据框中运行时prop.test该conf.int变量似乎为空。

library(dplyr)

cases <- c(50000, 1000, 10, 2343242)
population <- c(100000000, 500000000, 100000, 200000000)

df <- as.data.frame(cbind(cases, population))
df %>% mutate(rate = prop.test(cases, population, conf.level=0.95)$estimate)

这适当地返回

    cases population       rate
1   50000      1e+08 0.00050000
2    1000      5e+08 0.00000200
3      10      1e+05 0.00010000
4 2343242      2e+08 0.01171621

然而，当我跑

df %>% mutate(confint.lower= prop.test(cases, pop, conf.level=0.95)$conf.int[1])

我伤心地得到

Error in mutate_impl(.data, dots) : 
  Column `confint.lower` is of unsupported type NULL

有什么想法吗？我知道计算二项式比例置信区间的替代方法，但我真的很想学习如何使用dplyr。

谢谢！

Answer 1

您可以使用dplyr::rowwise()对行进行分组：

df %>%
    rowwise() %>%
    mutate(lower_ci = prop.test(cases, pop, conf.level=0.95)$conf.int[1])

默认情况下dplyr采用列名并将它们视为向量。所以矢量化函数，比如上面提到的@Jake Fisher，不需要rowwise()添加。

这是我一次捕获所有置信区间组件的方法：

df %>%
    rowwise %>%
    mutate(tst = list(broom::tidy(prop.test(cases, pop, conf.level=0.95)))) %>%
    tidyr::unnest(tst)