整洁： 说明

Question

我试图自己实现整洁，使用原始论文但被卡住了。

假设在上一代我有以下物种：

Specie 1:     members: 100    avg_score: 100
Specie 2:     members: 150    avg_score: 120
Specie 3:     members: 300    avg_score: 50
Specie 4:     members: 10     avg_score: 110

我现在对下一代的尝试。如下：

1. 从每个物种中删除每个基因组，除了一个随机基因组。
2. 将每个基因组放在物种中/也许创建一个新的

3. 将物种的分数设置为物种中每个基因组分数的平均值。

   4.1 通过杀死每个物种中最差的 90% 来繁殖。

   4.2 选择一个物种，根据他们的分数。

   4.3 从那个物种中，选择 2 个基因组并培育一个新的基因组。

我不确定这是否是正确的尝试，尤其是当我“杀死”90% 的基因组时。这个百分比值是我现在随机选择的（这只是概念上的）。

如果一个物种，在杀死后，有 0 个成员。然后就灭绝了吗？

在我给出的例子中，如果我杀死 90%，物种 4 可能会灭绝。

我的尝试是否正确，或者一个物种通常是如何灭绝的？

Answer 1

首先，我强烈建议不要尝试从头开始实施 NEAT。这比起初看起来要复杂得多（请随意查看许多可用实现的公共存储库）。

现在，更具体地回答您的问题：

NEAT有多种口味。在您的情况下，您的疑虑似乎与精英主义的概念有关，是的，这通常是您需要自己设置的参数。通常，该算法的工作方式如下：

1. 物种基因组。也就是说，将它们排列成给定数量的物种，使它们彼此更接近（例如，k 均值物种形成）。
2. 选择精英。您从每个物种中保留给定数量或百分比的个体，并将它们传递给新一代。根据您如何应用这一点，每个物种中总会有至少一名成员幸存下来！
3. 根据适应度（也可能基于物种的适应度）选择用于繁殖的基因组。这也允许不同的特定实现风格。
4. 再生产。有无性繁殖（所选基因组的变异）和有性繁殖。有性繁殖的工作原理是从两个父母那里获取基因（同样，不同的实现），然后突变一些。存在种间和种内有性繁殖（来自同一物种或不同物种的另一个亲本），但您可以随意禁用其中任何一个。
5. 重新评估后代（设置新的适应度值）。
6. 物种形成。

请注意，物种形成会定期（通常是每一代）重新应用，因此物种并没有真正的强定义（没有什么能真正阻止精英基因组，原封不动地复制到下一代，分配给新物种）。

如果您使用固定的种群规模和 k 均值物种形成，那么无论如何总会有 k 个物种。从某种意义上说，它们每次迭代都是新物种。