R使用热图绘制kmeans聚类

Question

我想用kmeans聚类一个矩阵,并能够将其绘制为热图.这听起来很微不足道,我看过很多像这样的情节.我试图google atround,但找不到绕道而行的方法.

我希望能够在这个图上绘制类似A或B的图.假设我有一个250行和5列的矩阵.我不希望对列进行聚类,只是对行进行聚类.

m = matrix(rnorm(25), 250, 5)

km = kmeans(m, 10)

那么如何将这10个聚类作为热图进行绘制？您的评论和帮助非常受欢迎.

谢谢.

Answer 1

像下面这样的东西应该工作:

set.seed(100)
m = matrix(rnorm(10), 100, 5)
km = kmeans(m, 10)
m2 <- cbind(m,km$cluster)
o <- order(m2[, 6])
m2 <- m2[o, ]
library(pheatmap) # I like esoteric packages!
library(RColorBrewer)
pheatmap(m2[,1:5], cluster_rows=F,cluster_cols=F, col=brewer.pal(10,"Set3"),border_color=NA)