计算 R 中像素（计数）光栅文件的数量

Question

我有大量的光栅文件和一个在光栅文件范围内的多边形。我想获取多边形内每个光栅文件的像素数（计数）。另外，我想为每个光栅文件创建一个带有光栅文件名称和像素数（列出）的表。我尝试过堆叠，但我无法跟踪名称。在 R 中还有其他方法可以执行此任务吗？

Answer 1

请始终包含示例数据

library(raster)
fn <-system.file("external/rlogo.grd", package="raster")
s <- stack(fn)
s[[1]][1:5000] <- NA
s[[2]][5001:ncell(s)] <- NA
names(s)
#[1] "red"   "green" "blue" 
p <- rbind(c(5,20), c(25,55), c(50, 20), c(20,6), c(5,20))
pol <- spPolygons(p)

plot(s, addfun=function() lines(pol, lwd=2))

我不太确定你在追求什么。如果您可以堆叠它们（您说可以），那么所有栅格的单元格（像素）数量将相同。我假设您想要不是NA. 如果您确实有具有不同原点/分辨率的栅格，则可以重复这些步骤，但无需将它们堆叠成RasterStack，但您需要调整方法以计算像NA元。

较小对象的简单方法：

m <- mask(s, pol)
cellStats(m, function(i, ...) sum(!is.na(i)))
# red green  blue 
# 600   506  1106 

如果内存不足，您可以执行以下操作：

m <- mask(s, pol)
x <- reclassify(m, cbind(-Inf, Inf, 1))
names(x) <- names(m)
cellStats(x, 'sum')
#red green  blue 
#600   506  1106 

你也可以试试：

extract(s, pol, fun=function(x,...)length(na.omit(x)))
#     red green blue
#[1,] 600   506 1106

如果您想计算所有单元格（无论是否NA），您可以执行以下操作

# example RasterLayer
r <- s[[1]]
# this step may help in speed if your polygon is small relative to the raster
r <- crop(r, pol)

x <- rasterize(pol, r, 1)
cellStats(x, 'sum')
#[1] 1106