Rcpp - 在包的结构外编译

Question

我有一个关于在包结构之外使用Rcpp使用C++代码的问题.

为了澄清我的疑问,请考虑下面的C++代码(test.cpp):

// [[Rcpp::depends(RcppGSL)]]

#include <Rcpp.h>
#include <numeric>
#include <gsl/gsl_sf_bessel.h>
#include <RcppGSL.h>
#include <gsl/gsl_matrix.h>
#include <gsl/gsl_blas.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo(NumericVector x) {
  return x * 2;
}

// [[Rcpp::export]]
double my_bessel(double x){
  return gsl_sf_bessel_J0 (x);
}

// [[Rcpp::export]]
int tamanho(NumericVector x){
  int n = x.size();

  return n;
}

// [[Rcpp::export]]
double soma2(NumericVector x){
  double resultado = std::accumulate(x.begin(), x.end(), .0);
  return resultado; 
}

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector colNorm(const RcppGSL::Matrix & G) {
  int k = G.ncol();
  Rcpp::NumericVector n(k);           // to store results
  for (int j = 0; j < k; j++) {
    RcppGSL::VectorView colview = gsl_matrix_const_column (G, j);
    n[j] = gsl_blas_dnrm2(colview);
  }
  return n;                           // return vector
}

上面的代码在包的结构内部时有效.我们知道,Rcpp::compileAttributes()创建了使用该文件RcppExports.cpp.所以我将访问R.环境中的函数.

我的兴趣是使用在包的框架之外使用Rcpp实现的C++函数.为此我使用g ++编译器编译C++代码如下:

g++ -I"/usr/include/R/" -DNDEBUG -I"/home/pedro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/Rcpp/include" -I"/home/pedro/Dropbox/UFPB/Redes Neurais e Análise de Agrupamento/Rcpp" -I /home/pedro/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/RcppGSL/include -D_FORTIFY_SOURCE=2   -fpic  -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe -fstack-protector-strong -fno-plt  -c test.cpp -o test.o -lgsl -lgslcblas -lm
g++ -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-O1,--sort-common,--as-needed,-z,relro,-z,now -o produto.so produto.o -L/usr/lib64/R/lib -lR -lgsl -lgslcblas -lm

编译成功发生,未发出警告消息.通过这种方式,生成了test.o和test.so文件.已经在R中,使用.Call界面,我做了:

dyn.load("test.so")

my_function <- function(x){
    .Call("soma2",x)
}

尝试使用该my_function ()函数时,会发生错误,指出soma2不在加载表中.有没有办法在RcppExports.cpp包的框架外创建文件？我想正确的一个是编译代码RcppExports.cpp而不是test.cpp.

提前致谢.

Answer 1

如果您在包装外工作,您可以简单地使用Rcpp::sourceCpp(<file>).这将负责编译,链接和为您提供R包装.有了你的文件,我得到:

> Rcpp::sourceCpp("test.cpp")
> soma2(1:5)
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