在ggplot中设置黄土线置信区间阴影的限制

Question

我在 ggplot 中正确显示黄土线时遇到问题。我有几个变量，其中没有一个可以低于零，例如身高、体重和丰度。我正在尝试用黄土线在 ggplot 中绘制这些数据。使用一些虚构的数据：

library(ggplot2)

df <- as.data.frame(rep(1:7, each = 5))

df[,2] <- c(0,1,5,0,6,0,7,2,9,1,1,18,4,2,34,8,18,24,56,12,12,18,24,63,48,
       40,70,53,75,98,145,176,59,98,165)

names(df) <- c("x", "y")

ggplot(df, aes(x=x, y=y)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  scale_y_continuous(limits = c(-20,200))

这很好，只是显示平滑线周围置信区间的阴影区域低于零，并且审阅者指出这是不可能的，并要求我更改它。我认为通过将 y 轴的下限设置为零可以轻松完成此操作：

ggplot(df, aes(x=x, y=y)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  scale_y_continuous(limits = c(0,200))

但这使得黄土线周围的部分阴影区域消失了。有没有一种方法可以使绘图在 y 轴限制为零的情况下工作，以便切断部分阴影区域，或者首先对黄土线设置限制，以便它不会创建阴影低于零的区域？

Answer 1

 ggplot(df, aes(x=x, y=y)) +
   geom_point() +
   geom_smooth() +
   coord_cartesian(ylim = c(0,200))

Answer 2

我们可以计算 override ymina 的 aes stat_smooth（注意与 的区别geom_smooth）：

ggplot(df, aes(x=x, y=y)) +
  geom_point() +
  stat_smooth(geom='ribbon', aes(ymin = ifelse(..ymin.. < 0, 0, ..ymin..)), 
              alpha = .3) +
  geom_smooth(se = FALSE) +
  scale_y_continuous(limits = c(-20,200))
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'
#> `geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

由reprex 包(v0.2.0)于 2018-05-22 创建。