使用 Bokeh 按 Networkx 节点属性对节点进行着色

Question

我正在尝试使用散景来创建交互式网络可视化。我了解如何将属性数据添加到散景图，但我不确定如何根据节点属性分配填充颜色。

我一直在关注我能找到的所有散景示例，但我似乎无法弄清楚。

如何调整下面的代码以按 NetworkX 节点属性对节点进行着色？

import networkx as nx
from bokeh.io import show, output_notebook
from bokeh.plotting import figure
from bokeh.models import Circle, HoverTool, TapTool, BoxSelectTool
from bokeh.models.graphs import from_networkx

output_notebook()

# create a sample graph
G = nx.karate_club_graph()

# create the plot
plot = figure(x_range=(-1.1, 1.1), y_range=(-1.1, 1.1))

# add tools to the plot
plot.add_tools(HoverTool(tooltips=[("Name", "@name"), 
                                   ("Club", "@club")]), 
               TapTool(), 
               BoxSelectTool())

# create bokeh graph
graph = from_networkx(G, nx.spring_layout, iterations=1000, scale=1, center=(0,0))

# add name to node data
graph.node_renderer.data_source.data['name'] = list(G.nodes())

# add club to node data
graph.node_renderer.data_source.data['club'] = [i[1]['club'] for i in G.nodes(data=True)]

# set node size
graph.node_renderer.glyph = Circle(size=10)

plot.renderers.append(graph)
show(plot)

Answer 1

这个问题有点模糊，所以我不确定下面的代码是否正是您所要求的。（“节点”属性是您复制到“名称”列中的属性吗？我想是的...）但无论如何，您可以根据任何 CDS 列来使用linear_cmap颜色映射：fill_color

from bokeh.transform import linear_cmap
graph.node_renderer.glyph = Circle(
    size=10, 
    fill_color=linear_cmap('name', 'Spectral8', min(G.nodes()), max(G.nodes()))
)

或者，如果列是字符串因子，您也可以使用factor_cmap.