在R中将FASTQ ASCII转换为十进制和十六进制

Question

我有一个FASTQ质量得分,它是一系列ASCII字符.在这种情况下(可能)ASCII字符64到126表示0到62的分数(假设它是Illumina).这产生了潜在的序列:

feffefdfbefdfffcfdeTddaYddffbfcI``S_KKX _]] MR [D_TY [VTVXQ]`Q_BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB

如何提取哪个是ASCII字符的数量？

谢谢你

编辑:该序列表示由碱基构成的生物序列的质量(来自核酸中的碱基对,意指字符(ATGC)).基本质量是phred-scaled基本错误概率,等于-10 log10 Pr {base is wrong}.

Answer 1

好吧,正如Marek所说:你可能会发现在Bioconductor中转换Illumina质量分数的功能.你可以在biostar.stackexchange.com上询问.

使用基本功能,您可以使用charToRaw():

> x <- "feeffdbefc`\\KKX]_BBBB"
> charToRaw(x)
 [1] 66 65 65 66 66 64 62 65 66 63 60 5c 4b 4b 58 5d 5f 42 42 42 42
> as.numeric(charToRaw(x))
 [1] 102 101 101 102 102 100  98 101 102  99  96  92  75  75  88  93  95  66  66  66  66
> as.character(charToRaw(x))
 [1] "66" "65" "65" "66" "66" "64" "62" "65" "66" "63" "60" "5c" "4b" "4b" "58" "5d" "5f" "42" "42" "42" "42"

请注意,你必须逃避反斜杠,否则你会遇到麻烦.这取决于您读取数据的方式等等.