网状 - 在Rmarkdown中运行python块

Question

也许我错过了什么,但如果下面的代码是我的Rmd文件的内容

```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv("r-reticulate")
py_available(TRUE)
```
```{python}
a = 7
print(a)
```
```{r}
py$a
```

当我编织文件时,最后一个块的输出是7(正如预期的那样).另一方面,单击Rstudio中的"全部运行"按钮(或逐个运行块),将导致NULL最后一个块.

与R笔记本示例相比,似乎flights在python块中分配内容应该py$flights可用于R,但事实并非如此.

问题:

1. 有没有办法从R访问一个先前运行过的Python块中创建的变量(不是编织)？如何"导出"R在python块中创建的变量？
2. 什么是一个很好的参考,以了解当我点击Rmarkdown文件的python块中的运行按钮时会发生什么？

编辑:好的,所以在看到第一个答案后,我确实更新了knitr和rmarkdown到最新版本,但仍然有同样的问题.我添加py_available(TRUE)到我的文件中以确保它已被初始化,仍然,最后一个块结果在7编织时,但是逐个运行块导致

> py$a
Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'a'

问题是:a在Python py$a环境中为python块分配值没有做任何事情.也许R和python之间的这个"共享"环境不是这个包应该如何工作的？另外,还有一些额外的信息

> py_config()
python:         /usr/bin/python
libpython:      /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        2.7.14 (default, Sep 23 2017, 22:06:14)  [GCC 7.2.0]
numpy:          /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy
numpy_version:  1.12.1

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /usr/bin/python3

Answer 1

这在当前的 RStudio 桌面（例如）中已修复1.2.1114。但是，如果您像我一样坚持使用 RStudio Server Pro 1.1.456，那么比使用更好的解决方法py_run_string可能是使用reticulate::repl_python()，它在 R 控制台中为您提供了一个 Python 控制台，并允许您通过将 Python 块复制粘贴到控制台来运行它们。

解决方法： 在职的：

Answer 2

您必须使用 Rstudio 每日构建（源代码）并升级knitr到rmarkdown最新版本。

\n\n

> packageVersion("rmarkdown")\n[1] \xe2\x80\x981.9\xe2\x80\x99\n> packageVersion("knitr")\n[1] \xe2\x80\x981.20\xe2\x80\x99\n

\n

Answer 3

Rmarkdown /针织衫：

运行块：

到目前为止，尚不支持运行块而不编织文档。参见此处：https : //github.com/yihui/knitr/issues/1440或网状结构不共享RMarkdown中的R / Python单元或Python / Python单元之间的状态。

编辑：Freguglia的解决方法：

“解决方法是将python块转换为R块，然后将全部内容包装在py_run_string（）函数中，因此可以通过py $ variable_name从R访问该代码段中分配的任何内容。”

编织文件：

一种方法是knitr按照上面的建议进行升级，但您不必这样做，也不需要RStudio的每日构建。

如果您拥有版本1.18之前的knitr，则可以包括：

```{r setup, include = FALSE} knitr::knit_engines$set(python = reticulate::eng_python) ``` ，请参见此处：https : //rstudio.github.io/reticulate/articles/r_markdown.html#engine-setup。

蟒蛇：

如果不起作用，请确保python连接在rmarmdown / knitr：外部运行 py_run_string("x = 10"); py$x。

如果仍然无法使用，则应检查： py_available()和py_numpy_available()。

如果返回FALSE：尝试使用进行初始化py_available(TRUE)。

如果还是不行，请检查您的配置： py_config()

它将为您提供有关该问题的更多提示：

我的例子是：R和python的不同位版本（32 vs 64），或者以某种方式在安装Python2.7和单独的Anaconda时遇到麻烦。