Pybind11:可以使用mpi4py吗？

Question

在Pybind11中是否可以在Python端使用mpi4py然后将通信器移交给C++端？

如果是这样,它将如何运作？

如果没有,是否可以使用Boost？如果是这样,它会怎么做？

我在网上搜索了几个小时,但没有找到任何东西.

Answer 1

使用pybind11将mpi4py通信器传递给 C++可以使用 mpi4py C-API 来完成。可以使用以下Python代码找到相应的头文件：

import mpi4py
print(mpi4py.get_include())

为了方便地在 Python 和 C++ 之间传递通信器， 可以实现自定义 pybind11 类型转换器。为此，我们从典型的序言开始。

// native.cpp
#include <pybind11/pybind11.h>
#include <mpi.h>
#include <mpi4py/mpi4py.h>

namespace py = pybind11;

为了让 pybind11 自动将 Python 类型转换为 C++ 类型，我们需要一个 C++ 编译器可以识别的不同类型。不幸的是，MPI 标准没有指定MPI_comm. 更糟糕的是，常见的 MPI 实现MPI_comm可以定义为int或void* ，C++ 编译器无法区分这些类型的常规使用。为了创建一个不同的类型，我们定义了一个包装类，它MPI_Comm可以隐式地与MPI_Comm.

struct mpi4py_comm {
  mpi4py_comm() = default;
  mpi4py_comm(MPI_Comm value) : value(value) {}
  operator MPI_Comm () { return value; }

  MPI_Comm value;
};

然后类型转换程序的实现如下：

namespace pybind11 { namespace detail {
  template <> struct type_caster<mpi4py_comm> {
    public:
      PYBIND11_TYPE_CASTER(mpi4py_comm, _("mpi4py_comm"));

      // Python -> C++
      bool load(handle src, bool) {
        PyObject *py_src = src.ptr();

        // Check that we have been passed an mpi4py communicator
        if (PyObject_TypeCheck(py_src, &PyMPIComm_Type)) {
          // Convert to regular MPI communicator
          value.value = *PyMPIComm_Get(py_src);
        } else {
          return false;
        }

        return !PyErr_Occurred();
      }

      // C++ -> Python
      static handle cast(mpi4py_comm src,
                         return_value_policy /* policy */,
                         handle /* parent */)
      {
        // Create an mpi4py handle
        return PyMPIComm_New(src.value);
      }
  };
}} // namespace pybind11::detail

下面是使用类型转换程序的示例模块的代码。请注意，我们在 pybind11 公开的函数定义中使用mpi4py_comm代替。MPI_Comm但是，由于隐式转换，我们可以将这些变量用作常规MPI_Comm变量。特别是，它们可以传递给任何需要类型参数的函数MPI_Comm。

// recieve a communicator and check if it equals MPI_COMM_WORLD
void print_comm(mpi4py_comm comm)
{
  if (comm == MPI_COMM_WORLD) {
    std::cout << "Received the world." << std::endl;
  } else {
    std::cout << "Received something else." << std::endl;
  }
}

mpi4py_comm get_comm()
{
  return MPI_COMM_WORLD; // Just return MPI_COMM_WORLD for demonstration
}

PYBIND11_MODULE(native, m)
{
  // import the mpi4py API
  if (import_mpi4py() < 0) {
    throw std::runtime_error("Could not load mpi4py API.");
  }

  // register the test functions
  m.def("print_comm", &print_comm, "Do something with the mpi4py communicator.");
  m.def("get_comm", &get_comm, "Return some communicator.");
}

该模块可以编译，例如使用

mpicxx -O3 -Wall -shared -std=c++14 -fPIC \
  $(python3 -m pybind11 --includes) \
  -I$(python3 -c 'import mpi4py; print(mpi4py.get_include())') \
  native.cpp -o native$(python3-config --extension-suffix)

并测试使用

import native
from mpi4py import MPI
import math

native.print_comm(MPI.COMM_WORLD)

# Create a cart communicator for testing
# (MPI_COMM_WORLD.size has to be a square number)
d = math.sqrt(MPI.COMM_WORLD.size)
cart_comm = MPI.COMM_WORLD.Create_cart([d,d], [1,1], False)
native.print_comm(cart_comm)

print(f'native.get_comm() == MPI.COMM_WORLD '
      f'-> {native.get_comm() == MPI.COMM_WORLD}')

输出应该是：

Received the world.
Received something else.
native.get_comm() == MPI.COMM_WORLD -> True

Answer 2

这确实是可能的.正如John Zwinck在评论中指出的那样,MPI_COMM_WORLD将自动指向正确的通信器,因此不必将任何内容从python传递到C++端.

例

首先,我们有一个简单的pybind11模块,它公开了一个简单打印一些MPI信息的函数(取自许多在线教程之一).要编译模块,请参阅此处pybind11 cmake示例.

#include <pybind11/pybind11.h>
#include <mpi.h>
#include <stdio.h>

void say_hi()
{
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
    char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
    int name_len;
    MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
    printf("Hello world from processor %s, rank %d out of %d processors\n",
        processor_name,
        world_rank,
        world_size);
}

PYBIND11_MODULE(mpi_lib, pybind_module)
{
    constexpr auto MODULE_DESCRIPTION = "Just testing out mpi with python.";
    pybind_module.doc() = MODULE_DESCRIPTION;

    pybind_module.def("say_hi", &say_hi, "Each process is allowed to say hi");
}

接下来是python方面.在这里,我重用了这篇文章中的例子:在Python中隐藏MPI并简单地放入pybind11库.首先是调用MPI python脚本的python脚本:

import sys
import numpy as np

from mpi4py import MPI

def parallel_fun():
    comm = MPI.COMM_SELF.Spawn(
        sys.executable,
        args = ['child.py'],
        maxprocs=4)

    N = np.array(0, dtype='i')

    comm.Reduce(None, [N, MPI.INT], op=MPI.SUM, root=MPI.ROOT)

    print(f'We got the magic number {N}')

和子进程文件.在这里,我们只需调用库函数即可.

from mpi4py import MPI
import numpy as np

from mpi_lib import say_hi


comm = MPI.Comm.Get_parent()

N = np.array(comm.Get_rank(), dtype='i')

say_hi()

comm.Reduce([N, MPI.INT], None, op=MPI.SUM, root=0)

最终结果是:

from prog import parallel_fun
parallel_fun()
# Hello world from processor arch_zero, rank 1 out of 4 processors
# Hello world from processor arch_zero, rank 2 out of 4 processors
# Hello world from processor arch_zero, rank 0 out of 4 processors
# Hello world from processor arch_zero, rank 3 out of 4 processors
# We got the magic number 6