如何访问 `shell` 部分中的 Snakemake 配置变量？

Question

在snakemake中，我想从指令config中访问键shell:。我可以使用{input.foo}、{output.bar}、 和{params.baz}，但{config.quux}不受支持。有办法实现这一点吗？

rule do_something:
    input: "source.txt"
    output: "target.txt"
    params:
        # access config[] here. parameter tracking is a side effect
        tmpdir = config['tmpdir']
    shell:
        # using {config.tmpdir} or {config['tmpdir']} here breaks the build
        "./scripts/do.sh --tmpdir {params.tmpdir} {input} > {output}; "

我可以将我想要的配置部分分配给 下的一个键params，然后使用{param.x}替换，但这会产生不需要的副作用（例如参数保存在 Snakemake 元数据中（即.snakemake/params_tracking）。使用run:而不是shell:另一种解决方法，但是{config.tmpdir}直接从块访问shell将是最理想的。

Answer 1

"./scripts/do.sh --tmpdir {config[tmpdir]} {input} > {output}; "

应该在这里工作。

文档中有说明： http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/configuration.html#standard-configuration

“为了将配置占位符添加到 shell 命令中，Python 字符串格式化语法要求您省略键名称周围的引号，如下所示：”

shell:
    "mycommand {config[foo]} ..."