如何将 Cython 与 pytest 结合使用？

Question

目标是将pytest单元测试框架用于使用 Cython 的 Python3 项目。这不是即插即用的事情，因为pytest默认情况下无法导入 Cython 模块。

一种不成功的解决方案是使用该pytest-cython插件，但它对我来说根本不起作用：

> py.test --doctest-cython
usage: py.test [options] [file_or_dir] [file_or_dir] [...]
py.test: error: unrecognized arguments: --doctest-cython
  inifile: None
  rootdir: /censored/path/to/my/project/dir

要验证我是否已安装该软件包：

> pip freeze | grep pytest-cython
pytest-cython==0.1.0

更新：我正在使用 PyCharm，它似乎没有使用我的 pip 安装的软件包，而是使用我的项目使用的软件包的自定义（？）pycharm 存储库。一旦我添加pytest-cython到该存储库，该命令就会运行，但奇怪的是它无论如何都无法识别 Cython 模块，尽管包/附加组件是专门为此目的而设计的：

> pytest --doctest-cython
Traceback:
tests/test_prism.py:2: in <module>
    from cpc_naive.prism import readSequence, processInput
cpc_naive/prism.py:5: in <module>
    from calculateScore import calculateScore, filterSortAlphas, 
calculateAlphaMatrix_c#, incrementOverlapRanges  # cython code
E   ImportError: No module named 'calculateScore'

我在这里得到的另一个不成功的解决方案是使用pytest-runner，但这会产生：

> python3 setup.py pytest
usage: setup.py [global_opts] cmd1 [cmd1_opts] [cmd2 [cmd2_opts] ...]
   or: setup.py --help [cmd1 cmd2 ...]
   or: setup.py --help-commands
   or: setup.py cmd --help

error: invalid command 'pytest'

更新：

我首先忘记将setup_requires=['pytest-runner', ...]和添加tests_require=['pytest', ...]到设置脚本中。一旦我这样做了，我又收到了另一个错误：

> python3 setup.py pytest
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 42, in <module>
    tests_require=['pytest']
(...)
AttributeError: type object 'test' has no attribute 'install_dists'

更新2（setup.py）：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension

from setuptools import find_packages
from Cython.Build import cythonize
import numpy

try:  # try to build the .c file
    from Cython.Distutils import build_ext
except ImportError:  # if the end-user doesn't have Cython that's OK; you should have shipped the .c files anyway.
    use_cython = False
else:
    use_cython = True

cmdclass = {}
ext_modules = []

if use_cython:
    ext_modules += [
        Extension("cpc_naive.calculateScore", ["cpc_naive/calculateScore.pyx"],
                  extra_compile_args=['-g'],   # -g for debugging
                  define_macros=[('CYTHON_TRACE', '1')]),
    ]
    cmdclass.update({'build_ext': build_ext})
else:
    ext_modules += [
        Extension("cpc_naive.calculateScore", ["cpc_naive/calculateScore.c"],
                  define_macros=[('CYTHON_TRACE', '1')]),  # compiled C files are stored in /home/pdiracdelta/.pyxbld/
    ]

setup(
    name='cpc_naive',
    author=censored,
    author_email=censored,
    license=censored,
    packages=find_packages(),
    cmdclass=cmdclass,
    ext_modules=ext_modules,
    install_requires=['Cython', 'numpy'],
    include_dirs=[numpy.get_include()],
    setup_requires=['pytest-runner'],
    tests_require=['pytest']
)

更新3（部分修复）：按照@hoefling的建议，我降级pytest-runner到版本<4（实际上是3.0.1），这解决了更新1中的错误，但现在我得到了与解决方案相同的异常pytest-cython：

E   ImportError: No module named 'calculateScore'

它似乎无法识别该模块。也许这是由于我不理解的一些绝对/相对导入魔力。

如何pytest与 Cython 一起使用？我怎样才能发现这些方法不起作用的原因，然后修复它？

最终更新：在考虑了原始问题和问题更新后（感谢@hoefling解决了这些问题！），这个问题现在简化为以下问题：

为什么 pytest 不能导入 Cython 模块calculateScore，即使仅使用 python （无 pytest）运行代码就可以正常工作？

Answer 1

正如 @hoefling 建议的那样，应该使用pytest-runner<0.4 版本以避免

AttributeError: type object 'test' has no attribute 'install_dists'

然后回答实际和最终的问题（除了添加到问题帖子本身的部分、偏离主题、特定于用户的修复之外）为什么pytest不能导入 Cython 模块calculateScore，即使仅使用 python（无 pytest）运行代码也是如此很好：剩下的问题在这里解决了。