Rmarkdown文档中的源嵌套R文件

Question

很明显，我正在编写Rmd带有一些R代码块的报告。我的代码结构如下：

• functions.R自定义功能的脚本
• DataDependency.R用于加载软件包和我的数据的脚本，这已经functions.R正是这些任务的来源
• 一些analysis.R脚本采购DataDependency.R
• 更多furtheranalyis.R采购analysis.R，从那时起，我不必多次编写一些步骤

因此，我在很大程度上取决于以嵌套方式获取文件的功能。但是，我无法做到这一点，RMarkdown每次都会给我带来错误（请参阅下文）。我太傻了还是缺少此功能？到目前为止，所有尝试均导致错误。

我看到关于该主题的其他问题，只包括采购的.Rmd内部.Rmd文件（这里）之间的区别source()，并read_chunk()（在这里）。两者都没有回答我的问题。

我已经尝试确保产生错误的确实是嵌套资源。因此，这是一个最小的工作示例：

微机

文件 mweA.R

x = 1:10

和文件 mweB.R

source("./mweA.R")
y = x * x

现在，在我的.Rmd文件中，我只想加载文件B（或者必须加载两个文件），然后继续：

```{r}
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

即使我这样做：

```{r}
source("./mweA.R")
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

发生相同的错误，即：

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> source -> file Execution halted

请注意，如果我只是执行source("./mweA.R")或获取任何其他非依赖R脚本，则不会出错。

希望在解决所有这些问题的块中必须指定一个（或多或少）秘密参数。我对Rmarkdown的代码块确实很困难，而且对我来说，常常不清楚错误是什么。这主要是阻止我从切换latex到RMarkdown...

Answer 1

你面对的不相关的问题，knitr或者能够正确地嵌套的文件，但不是R项目的产物“工作目录疯狂”一个面孔作为 rmarkdown意志相对于文档针织文件目录而不是在项目的根。根据文档是在项目会话中运行还是在会话中，这导致不同的相对路径knitr。

除了要点之外，此问题还显示了许多解决方法：

针织物特定：

为要评估的所有块设置一个根目录，而不是相对于文档位置。

opts_knit$set(root.dir = '/Users/username/path_to_project')

一般情况：

使用rprojroot或here（后者是前者的包装），后者使用多个条件来确定文件的顶级目录。您无需使用RStudio项目即可工作。

调用任何对另一个本地文件的引用都将使用here::here它解析到相同的位置，而不管调用该文件的子目录如何。

source(here("functions.R"))
source(here("subdirectory", "DataDependency.R"))
source(here("subdirectory2", "furtheranalyis.R"))

这可能是更好的解决方案，因为它不依赖knitr选项。或者，您可以root.dir使用rprojroot以下命令设置块：

opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

如果您正在使用RStudio项目。如果不是，请使用rprojroot::find_root指定的条件。