使用metafor包将科学记数法中的标签添加到森林图中

Question

所以我正在使用meta.for包进行荟萃分析R.我正准备在科学期刊上发表数据,我想在我的森林地块中添加p值,但科学注释格式为

x10-04

而不是标准

e-04

然而,争论ilab的forest功能不接受expression一流的对象,但仅矢量

这是一个例子:

library(metafor)
data(dat.bcg)

## REM 
res <- rma(ai = tpos, bi = tneg, ci = cpos, di = cneg, data = dat.bcg,
           measure = "RR",
           slab = paste(author, year, sep = ", "), method = "REML")
# MADE UP PVALUES
set.seed(513)
p.vals <- runif(nrow(dat.bcg), 1e-6,0.02)

# Format pvalues so only those bellow 0.01 are scientifically notated
p.vals <- ifelse(p.vals < 0.01, 
                 format(p.vals,digits = 3,scientific = TRUE,trim = TRUE),
                 format(round(p.vals, 2), nsmall=2, trim=TRUE))

## Forest plot
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

我希望将p值的科学记数法格式化为

x10-04

我见过的类似问题的所有答案都建议使用,expression()但这给出Error in cbind(ilab) : cannot create a matrix from type 'expression'了有意义,因为帮助文件forest指定ilab参数应该是一个向量.

关于如何解决这个问题或解决它的任何想法？

Answer 1

一个hacky解决方案是

forest.rma <- edit(forest.rma)

转到第574行并进行更改

## line 574
text(ilab.xpos[l], rows, ilab[, l], pos = ilab.pos[l],

至

text(ilab.xpos[l], rows, parse(text = ilab[, l]), pos = ilab.pos[l],

修复你的p值和情节

p.vals <- gsub('e(.*)', '~x~10^{"\\1"}', p.vals)
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")