我正在尝试使用执行以下操作的Snakefile:
rule split_files:
input:
'{pop}.bam'
output:
dynamic('{pop}_split/{chrom}.sam')
shell:
"something"
rule work:
input:
sam='{pop}_split/{chrom}.sam',
snps='snps/{chrom}_snps'
output:
'{pop}_split/{chrom}_parsed.sam'
shell:
"something"
rule combine:
input:
dynamic('{pop}_split/{chrom}_parsed.sam')
output:
'{pop}_merged.sam'
shell:
"something"
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
这导致错误:
Missing input files for rule work:
snps/__snakemake_dynamic___snps
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
将dynamic工作规则的两个输入相加会导致相同的错误。
我需要执行此操作,因为某些种群有chrY,而其他种群则没有,所以我不能仅仅通过染色体列表进行扩展(实际上我可以在当前正在使用的其他方法上进行扩增,但是这样做很麻烦)。
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