重新启动R会话而不会中断for循环

Question

在我的for循环中，我需要删除RAM。所以我用rm()命令删除了一些对象。然后，我做，gc()但RAM仍然相同

因此，我使用.rs.restartR()代替gc()它，并且它起作用：重新启动R会话后，将删除我的RAM的足够部分。

我的问题是for循环，在R重新启动后会中断。您是否有想法在.rs.restartR()命令后自动进入for循环？

Answer 1

我偶然发现了这篇文章，因为rm（）存在类似的问题，无法按预期清除内存。像您一样，如果我杀死了脚本，请使用rm（list = ls（all.names = TRUE））删除所有内容并重新启动，该脚本所花费的时间比最初要长。但是，使用.rs.restartR（）重新启动会话，然后再次进行采购按预期工作。正如您所说，在循环内无法“刷新”会话。

我的解决方案是编写一个简单的bash脚本来调用.r文件。

假设您在R中有一个循环，循环从1到3，并且您希望在每次迭代后重新启动会话。我的bash脚本“ runR.sh”可能如下所示：

  #!/bin/bash        

    for i in {1..3}
    do
      echo "Rscript myRcode.r $i" #check call to r script is as expected
      Rscript myRcode.r $i
    done

然后在“ myRcode.r”的顶部：

args <- commandArgs()
print(args) #list the command line arguments. 

myvar <- as.numeric(args[6])

并删除您的for (myvar in...){}，仅保留循环内容。

您将从中看到print(args)，您的shell脚本输入是数组的第6个元素，因此args[6]在分配变量时在以下行中。如果要传递字符串，例如文件名，那么您当然不需要as.numeric。

./runR.sh然后运行将调用您的脚本并有望解决您的内存问题。唯一的小问题是，与使用.rs.restartR（）时不同，您每次都必须重新加载软件包，并且可能不得不重复通常只运行一次的其他位。

在我的情况下它可以正常工作，我很想听听其他经验丰富的R / bash用户是否对此解决方案有任何疑问...

Answer 2

通过将迭代保存为外部文件，并编写一个调用自身的 rscript，可以在 rstudio 内的 for 循环内重新启动会话。该示例需要执行以下步骤。

#Save an the iteration as a separate .RData file in the working directory. 

iter <- 1

save(iter, file="iter.RData")

创建一个脚本，该脚本调用自身进行一定次数的迭代。将以下脚本保存为“test_script.R”

###load iteration
library(rstudioapi)

load("iter.RData")

###insert function here.
time_now <- Sys.time()

###save output of function to a file.
save(time_now, file=paste0("time_", iter, ".Rdata"))

###update iteration
iter <- iter+1
save(iter, file="iter.RData")

###restart session calling the script again
if(iter < 5){
restartSession(command='source("test_script.R")')
}