使用 python 读取和打开 dicom 图像

Question

如何使用python读取和显示dicom图像。我是 python 和 IT 领域的新手。请有人简要地告诉我有关 dicom 图像处理所需的包和库以及打开 dicom 图像的代码。

Answer 1

DICOM 图像通常用于存储医学图像。它们信息量很大。除了图像数据，它还存储了许多关键的患者信息，如患者姓名、年龄、性别、医生姓名等。

如果您只想预览 dicom 图像而不提取任何信息，请使用以下代码。您需要安装 pydicom python 包，您可以使用pip install pydicom-

import pydicom as dicom
import matplotlib.pylab as plt

# specify your image path
image_path = 'data/train_images/sample.dcm'
ds = dicom.dcmread(image_path)

plt.imshow(ds.pixel_array)

如果要将图像转换为 png/jpg，则可以执行以下操作 -

import pydicom as dicom
import cv2   

# specify your image path
image_path = 'data/train_images/sample.dcm'
ds = dicom.dcmread(image_path)

pixel_array_numpy = ds.pixel_array

image_format = '.jpg' # or '.png'
image_path = image_path.replace('.dcm', image_format)

cv2.imwrite(image_path, pixel_array_numpy)

来源：https : //medium.com/@vivek8981/dicom-to-jpg-and-extract-all-patients-information-using-python-5e6dd1f1a07d

Answer 2

如果你在 Windows 上工作，我建议你安装 Anaconda 来使用 Python。它拥有大部分的库和包。

我建议您从安装以下库开始：

1. pydicom（适用于 python 版本 > 3.0）链接：https ://anaconda.org/conda-forge/pydicom

2. Matplotlib（如果不在 Anaconda 中工作）

3. Numpy（如果不在 Anaconda 中工作）

以下代码应显示您的图像：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import os, glob
import pydicom
import pylab as pl
import sys
import matplotlib.path as mplPath

class IndexTracker(object):
    def __init__(self, ax, X):
        self.ax = ax
        ax.set_title('Scroll to Navigate through the DICOM Image Slices')

        self.X = X
        rows, cols, self.slices = X.shape
        self.ind = self.slices//2

        self.im = ax.imshow(self.X[:, :, self.ind])
        self.update()

    def onscroll(self, event):
        print("%s %s" % (event.button, event.step))
        if event.button == 'up':
            self.ind = (self.ind + 1) % self.slices
        else:
            self.ind = (self.ind - 1) % self.slices
        self.update()

    def update(self):
        self.im.set_data(self.X[:, :, self.ind])
        ax.set_ylabel('Slice Number: %s' % self.ind)
        self.im.axes.figure.canvas.draw()

fig, ax = plt.subplots(1,1)

os.system("tree C:/Users/Dicom_ROI")

plots = []

for f in glob.glob("C:/Users/Dicom_ROI/AXIAL_2/*.dcm"):
    pass
    filename = f.split("/")[-1]
    ds = pydicom.dcmread(filename)
    pix = ds.pixel_array
    pix = pix*1+(-1024)
    plots.append(pix)

y = np.dstack(plots)

tracker = IndexTracker(ax, y)

fig.canvas.mpl_connect('scroll_event', tracker.onscroll)
plt.show()