无法在通过闪亮生成的rmarkdown文档中的knitr :: kable()中使用`format ="latex"

Question

我希望在Shiny应用程序的PDF报告制作中使用kableExtra软件包功能(如此处所述).不幸的是,虽然我能够复制上面在Shiny环境之外链接的文档中的示例,但是当我在Shiny中尝试它时会出现以下错误:

"C:/ Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"+ RTS -K512m -RTS report.utf8.md --to latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output pandoc2f0831607c9a.pdf --template" C:\ Users\PStraforelli\Documents\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex"--highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics = yes - 变量"几何:margin = 1in"!未定义的控制序列.l.160\toprule

pandoc.exe:生成PDF时出错警告:运行命令'"C:/ Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"+ RTS -K512m -RTS report.utf8.md --to latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output pandoc2f0831607c9a.pdf --template"C:\ Users\phil\Documents\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex"--highlight-style tango - -latex-engine pdflatex --variable graphics = yes --variable"geometry:margin = 1in"'状态为43警告:错误:pandoc文档转换失败,错误43堆栈跟踪(最里面的第一个):53:pandoc_convert 52:转换51:rmarkdown :: render 50:下载$ func [C:\ Users\phil\Desktop\app/app.R#16] 1:shiny :: runApp错误:pandoc文档转换失败,错误43

这是一个可重复的例子:

app.R文件:

#From here: http://shiny.rstudio-staging.com/articles/generating-reports.html
shinyApp(
  ui = fluidPage(
    sliderInput("slider", "Slider", 1, 32, 10),
    downloadButton("report", "Generate report")
  ),
  server = function(input, output) {
    output$report <- downloadHandler(

      filename = "report.pdf",
      content = function(file) {
                tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
        file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(n = input$slider)

        rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
                          params = params,
                          envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )
  }
)

report.Rmd文件:

---
title: "Dynamic report"
output: pdf_document
params:
  n: NA
---

```{r}
#From here: http://haozhu233.github.io/kableExtra/awesome_table_in_pdf.pdf
library(magrittr)
library(knitr)
library(kableExtra)
dt <- mtcars[1:params$n, 1:6]

kable(dt, format = "latex", booktabs = T) %>% 
  kable_styling(latex_options = "striped")
```

当我将app.R文件启动到Internet浏览器上,然后单击"生成报告"时,我收到上面引用的错误.如果我删除文件(和函数)中的format = "latex"参数knitr::kable(),那么一切正常.report.Rmdkable_styling()

Answer 1

你需要放入library(kableExtra)你的rmarkdown.它会自动为您加载必要的LaTeX软件包.

更新:rmarkdown render在清理元数据方面存在一些问题.要确保加载这些包,您可以按照晕影中"此包中使用的LaTeX包"部分中的指示并将其放在header-includesyaml标题中.

请参阅为什么从rmarkdown渲染pdf需要在渲染之间关闭rstudio？详情.