rfi*_*ire 3 python matlab scipy multinomial
我正在尝试使用(python)中的multinominal.pmf函数scipy.stats。
当我在输入中所有概率均大于零的情况下使用此函数时,它可以正常工作。问题是当我要使用其中一个概率为零的函数时。
以下示例说明了我的意思:
In [18]: multinomial.pmf([3, 3, 0], 6, [1/3.0, 1/3.0, 1/3.0])
Out[18]: 0.027434842249657095
In [19]: multinomial.pmf([3, 3, 0], 6, [2/3.0, 1/3.0, 0])
Out[19]: nan
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可以看出,在第一次所有概率均大于0的情况下,使用该函数没有问题。但是,当我将其中一个概率更改为零时,该函数返回nan,即使通过该函数也应返回0.21948。
当其中一个概率为零时,是否有一种方法(在python中)来计算pmf?可以通过其他方式处理该问题,或者解决该功能。
附加信息
我在示例中使用Matlab中的mnpdf函数计算了示例中的函数应返回的值。但是,由于我的其余代码在python中,所以我更喜欢找到一种在python中进行计算的方法。
好地方!这是Scipy中的错误。源代码可以在这里找到。
3031至3051行:
def pmf(self, x, n, p):
return np.exp(self.logpmf(x, n, p))
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2997行到3017行:
def logpmf(self, x, n, p):
n, p, npcond = self._process_parameters(n, p)
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2939至2958行:
def _process_parameters(self, n, p):
p = np.array(p, dtype=np.float64, copy=True)
p[...,-1] = 1. - p[...,:-1].sum(axis=-1)
# true for bad p
pcond = np.any(p <= 0, axis=-1) # <- Here is why!!!
pcond |= np.any(p > 1, axis=-1)
n = np.array(n, dtype=np.int, copy=True)
# true for bad n
ncond = n <= 0
return n, p, ncond | pcond
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行pcond = np.any(p <= 0, axis=-1)结果pcond是true如果任何值p<= 0。
然后在logpmf3029行中:
return self._checkresult(result, npcond_, np.NAN)
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结果logpmf并pmf返回nan!
请注意,正确计算了实际结果(3020行,2994-2995):
result = self._logpmf(x, n, p)
def _logpmf(self, x, n, p):
return gammaln(n+1) + np.sum(xlogy(x, p) - gammaln(x+1), axis=-1)
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用您的价值观:
import numpy as np
from scipy.special import xlogy, gammaln
x = np.array([3, 3, 0])
n = 6
p = np.array([2/3.0, 1/3.0, 0])
result = np.exp(gammaln(n+1) + np.sum(xlogy(x, p) - gammaln(x+1), axis=-1))
print(result)
>>>0.219478737997
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