Rmarkdown/Shiny 工作但不保存 .md .html 输出

Question

我正在尝试使用闪亮元素制作交互式 Rmarkdocument，并将此文件上传到运行 Shiny Server 的服务器。为了让它工作，我需要来自（本地）Rstudio 的输出，我可以上传（我想我需要 .md 和 .html 文件）。

为了说明，这里是一个示例脚本：

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title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r, echo=FALSE}
inputPanel(
  selectInput("n_breaks", label = "Number of bins:",
              choices = c(10, 20, 35, 50), selected = 20),

  sliderInput("bw_adjust", label = "Bandwidth adjustment:",
              min = 0.2, max = 2, value = 1, step = 0.2)
)

renderPlot({
    hist(faithful$eruptions, probability = TRUE, 
    breaks = as.numeric(input$n_breaks),
    xlab = "Duration (minutes)", main = "Geyser eruption duration")

  dens <- density(faithful$eruptions, adjust = input$bw_adjust)
  lines(dens, col = "blue")
})
```

当我按下 Ctrl+Shift+K 来编织这个时，我得到一个 .md 和一个 .html 文件已经被写入的输出（分别到 /tmp/RtmpazfnvB/.knit.md 和 /tmp/RtmpazfnvB/file65ab7ab54e0d.html ）。此外，还会弹出一个有效的交互式文档。到现在为止还挺好：

问题是当我尝试保存输出文件时。

• 如果我单击“在浏览器中打开”，则会在浏览器中打开一个空选项卡
• 如果我将浏览器重定向到 /tmp/RtmpazfnvB/file65ab7ab54e0d.html，我会得到一个有效的 html，但这没有交互元素
• /tmp/RtmpazfnvB/.knit.md 似乎不存在

附加信息：

• 运行 Rstudiosudo并没有改变任何东西，
• 将 /tmp 的权限设置为 777 没有任何改变
• 我正在运行 Ubuntu 17.10，R 版本 3.4.0，已运行 update.packages(ask = FALSE)
• 添加html_document: keep_md: true仍然不会生成md文件

• 下面的代码给出了错误“找不到函数“inputPanel”：

  rmarkdown::render(input = "markdown_shiny_test1.Rmd", clean=F, runtime = "shiny", output_dir="~")
  

有谁知道 .html/.md 创建的问题可能在这里？非常感谢！