如何使用Lapply在R中批量处理geoTIFF

Question

我有一些大型的geoTIFF，现在我想将它们转换为ASCII文件，在进行一些搜索之后，我编写了以下代码：

library(raster)

f <- list.files("inputFolder", pattern = "*.tif", full.names = TRUE)
r <- lapply(f, raster)
a <- lapply(r, writeRaster, filename = "output", format = "ascii")

令我感到困惑的是，如何根据原始名称分别命名输出文件？

我试过了：

a <- lapply(r, writeRaster, filename = "outputFolder" + f, format = "ascii")

但是我收到错误：

二进制运算符的非数字参数

然后我尝试了：

a <- lapply(r, writeRaster, filename = paste0(f, ".asc"), format = "ascii")

但是我收到了：

file（filename，“ w”）中的错误：无效的'description'参数另外：警告消息：1：如果if（filename ==“”）{：条件的长度> 1，则仅使用第一个元素2 ：in if（！file.exists（dirname（filename）））{：条件的长度> 1并且仅使用第一个元素3：In if（toupper（x @ file @ name）== toupper（filename） ）{：条件的长度> 1，仅第一个元素将被使用4：In if（trim（filename）==“”）{：条件的长度> 1，仅第一个元素将被使用5：In if（！file.exists（dirname（filename）））{：条件的长度> 1，仅第一个元素将被使用6：in if（filename ==“”）{：条件的长度> 1，且仅第一个元素将被使用7：在if（！overwrite＆file.exists（filename））{中：条件的长度> 1，并且仅使用第一个元素

Answer 1

我认为您基本上快到了那里，进行了两项更正：

首先，您需要调用writeRaster它的副作用（即，将文件写入文件系统的能力），因此无需将lapply()循环的输出分配给对象。因此，删除a <-我们有：

lapply(r, writeRaster, filename = paste0(f, ".asc"), format = "ascii")

接下来，filename参数不会f以这种方式循环。您有两个选择，其中最简单的选择可能是使用匿名函数将@file@nameslot 传递r给filename参数：

lapply(r, function(x) {
  writeRaster(x, filename = x@file@name, format = "ascii", overwrite = TRUE)
})

您的另一个选择是像在python中使用一样循环r并f并行进行for r, f in...，可以通过以下方式完成purrr：

library("purrr")
walk2(r, f, function(x, y) {
  writeRaster(x = x, filename = y, format = "ascii")
})

在这里我们使用walk2()而不是map2()因为我们需要调用该函数以产生副作用。这遍历r并f在一起，因此您可以传递一个作为要写入的对象，传递一个作为文件名。

编辑：这是我用来重现该问题的代码

library("raster")

tmp_dir = tempdir()
tmp     = tempfile(tmpdir = tmp_dir, fileext = ".zip")

download.file(
  "http://biogeo.ucdavis.edu/data/climate/cmip5/10m/cc26bi50.zip",
  destfile = tmp
)
unzip(tmp, exdir = tmp_dir)

f = list.files(tmp_dir, pattern = ".tif$", full.names = TRUE)
r = lapply(f, raster)

# Solution one
lapply(r, function(x) {
  writeRaster(x, filename = x@file@name, format = "ascii", overwrite = TRUE)
})

# solution two
library("purrr")
walk2(r, f, function(x, y) {
  writeRaster(x = x, filename = y, format = "ascii")
})