如何生成随机字符串并计算特定字符串的百分比？

Question

我正在做我的第一个R课程.其中一个练习是创建一个1000碱基的随机DNA字符串,并计算GC百分比(GC%).

我创建了DNA碱基载体并尝试创建序列,但结果不正确

DNA <- c("A","G","T","C")
seq <- strrep(DNA, 250)

对这个菜鸟的任何建议？

Answer 1

基本上你应该检查出的最基础的R,即sum,sample,paste等功能.解决方案非常简单:

DNA <- c("A","G","T","C")
chain <- sample(DNA, 1000, replace = T)
GCcontent <- sum(chain %in% c('G','C'))/length(chain)
# chain as a string
paste(chain, collapse="")