如何将熊猫数据框写入HDF5数据集

Question

我正在尝试将Pandas数据框中的数据写入嵌套的hdf5文件中，每个组中包含多个组和数据集。我想将其作为单个文件保存，将来会每天增加。我使用了以下代码，该代码显示了我想要实现的结构

import h5py
import numpy as np
import pandas as pd

file = h5py.File('database.h5','w')

d = {'one' : pd.Series([1., 2., 3.], index=['a', 'b', 'c']),
     'two' : pd.Series([1., 2., 3., 4.], index=['a', 'b', 'c', 'd'])}

df = pd.DataFrame(d) 

groups = ['A','B','C']         

for m in groups:

    group = file.create_group(m)
    dataset = ['1','2','3']

    for n in dataset:

        data = df
        ds = group.create_dataset(m + n, data.shape)
        print ("Dataset dataspace is", ds.shape)
        print ("Dataset Numpy datatype is", ds.dtype)
        print ("Dataset name is", ds.name)
        print ("Dataset is a member of the group", ds.parent)
        print ("Dataset was created in the file", ds.file)

        print ("Writing data...")
        ds[...] = data        

        print ("Reading data back...")
        data_read = ds[...]

        print ("Printing data...")
        print (data_read)

file.close(

）

这样，便创建了嵌套结构，但丢失了索引和列。我试过了

df.to_hdf('database.h5', ds, table=True, mode='a')

但是没有用，我得到这个错误

AttributeError：“数据集”对象没有属性“拆分”

任何人都可以阐明一下。非常感谢

Answer 1

df.to_hdf()需要一个字符串作为key参数（第二个参数）：

键：字符串

商店中群组的标识符

所以试试这个：

df.to_hdf('database.h5', ds.name, table=True, mode='a')

其中ds.name应该返回一个字符串（键名）：

In [26]: ds.name
Out[26]: '/A1'