在 Python 中打开 mha 图像文件（2015 brats 挑战数据集）

Question

我想用深度学习做医学图像分割作为我的毕业论文，使用的数据是2015年的brats Challenge。

例如： MHA 文件

但是我不知道怎么用python打开.mha文件。我用的是tensorflow框架，所以用python更方便，除此之外，我还需要对数据图做一些预处理。

from medpy.io import load
url = r'G:\path\to\mine.mha'
mage_data,image_header = load(url)

然后：

medpy.core.exceptions.DependencyError: Loading images of type Itk/Vtk MetaImage (.mhd, .mha/.raw) requires a third-party module that could not be encountered. Reason: No module named 'filter'.

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Brats 挑战赛是一项国际比赛。但我不知道我应该使用什么网络结构来训练我的网络。如果你有好的建议，请告诉我。

Answer 1

您可以为此使用MedPy包。

sudo apt-get install python-pip python-numpy python-scipy libboost-python-dev build-essential

然后：

sudo pip install nibabel pydicom medpy

以及 Python 用法：

from medpy.io import load
mage_data, image_header = load('/path/to/image.mha')

该库还支持一些有用的预处理和分析功能。

祝你好运！