无法让此正则表达式适用于 Snakemake 中的 wildcard_constraints

Question

我有一个用 Snakemake 编写的工作流程，用于分析生物测序数据。工作流程期望对所有数据文件进行组织，以便每个原始读取文件都以检测类型（RNASeq、DNaseSeq 等）开头，并且在工作流程生成的所有文件中都保持此文件名约定。

我有一个规则来对齐除 RNASeq 之外的每个测定中的数据的读数，以及一个仅应用于 RNASeq 数据的不同规则。我在设置这些规则时遇到了麻烦，以便 Snakemake 知道对哪些文件使用哪些规则。

在 RNASeq 规则中，我有这个：

wildcard_constraints: library='RNASeq_.+'

这可以确保 RNASeq 库使用该规则。不过，我仍然收到有关其他分析的不明确规则的错误，因此我认为我需要限制其他规则中的通配符。我试过这个：

wildcard_constraints: library='(!?RNASeq)_.+'

说匹配任何没有 RNASeq 的东西，但是如果我在 python 解释器中尝试它，虽然这有效，但 Snakemake 似乎无法将任何东西与这个正则表达式匹配。我尝试过其他方法，例如“[^R][^N][^A]”，但没有任何效果。

由于这些正则表达式在我手动尝试针对字符串时起作用，因此我认为 Snakemake 应用正则表达式的方式存在错误，或者我不了解 Snakemake 如何使用它们。我假设它只是“如果此正则表达式与通配符字符串匹配，则使用此规则。如果不匹配，则不要使用此规则。”

Answer 1

我相信以下内容展示了您想要实现的目标：

# Snakefile

rule sam_startswith_dna:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='dna.+'
    shell: 'touch {output}'

rule sam_not_startswith_dna:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='(?!dna).+'  # negative lookahead assertion
    shell: 'touch {output}'

rule bam_endswith_rna:
    output: '{pattern}.bam'
    wildcard_constraints: pattern='.+rna'
    shell: 'touch {output}'

rule bam_not_endswith_rna:
    output: '{pattern}.bam'
    wildcard_constraints: pattern='.+(?<!rna)'  # negative lookbehind assertion
    shell: 'touch {output}'

使用它（snakemake 4.6.0，python 3.6）：

$ snakemake -n dna_sample.sam   # runs rule: sam_startswith_sam

$ snakemake -n sample.sam       # runs rule: sam_not_startswith_sam
$ snakemake -n sample_dna.sam   # runs rule: sam_not_startswith_sam

$ snakeamke -n sample_rna.bam   # runs rule: bam_endswith_rna

$ snakemake -n sample.bam       # runs rule: bam_not_endswith_rna
$ snakemake -n rna_sample.bam   # runs rule: bam_not_endswith_rna

这就是我认为你在做的事情：

# Snakefile2

rule sam_startswith_dna_:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='dna_.+'
    shell: 'touch {output}'

rule sam_not_startswith_dna_:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='(?!dna)_.+'
    shell: 'touch {output}'

使用它：

$ snakemake -s Snakefile2 dna_data.sam  # runs rule: sam_startswith_dna_

$ snakemake -s Snakefile2 rna_data.sam  # raises MissingRuleException :( :( :(

您可以通过以下方法修复它：

# Snakefile3

rule sam_startswith_dna_:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='dna_.+'
    shell: 'touch {output}'

rule sam_not_startswith_dna_:
    output: '{pattern}.sam'
    wildcard_constraints: pattern='(?!dna)[^_]{3}_.+'
    shell: 'touch {output}'

使用它：

$ snakemake -s Snakefile3 -n dna_data.sam  # runs rule: sam_startswith_dna_

$ snakemake -s Snakefile3 -n rna_data.sam  # runs rule: sam_not_startswith_dna_

但由于硬编码，它不是很通用{3}：

$ snakemake -s Snakefile3 -n gdna_data.sam  # raises MissingRuleException

以下内容是基于我的简要阅读snakemake.io.regex和一些探索；可能包含错误

一般来说，给出这样的规则：

rule some_rule:
    output: 'some.{pattern}.txt'
    wildcard_constraints: pattern='[a-z_]+'
    shell: 'touch {output}'

和这样的命令行调用：

$ snakemake some.tar_get.txt

该规则some_rule将被执行，如果

re.search('some\.(?P<pattern>[a-z_]+)\.txt$', 'some.tar_get.txt')

返回匹配项（假设其他检查通过（例如歧义、循环 dag 等））。

有趣的是，$被附加到模式中，但^没有前置。

这种行为与我最初的想法不同，我最初的想法是这样的（这将允许在你的 中使用^and ）：$wildcard_constraints

# python3, pseudo-code-ish

output = 'some.{pattern}.txt'
pattern = '[a-z_]+'

target = 'some.tar_get.txt'

# First test: does the target file name match the output (without the constraint)?
m = re.search('some\.(?P<pattern>.+)\.txt', target)
if not m:
    raise MissingInputException

# Second test: does the wildcard satisfy user-supplied constraint?
m = re.search(pattern, m.group('pattern'))
if not m:
    raise MissingInputException

run_rule()