在Python中将DICOM结构轮廓作为数组获取

Question

因此,如果我有一个图像(CT,MRI等)或甚至放射治疗的剂量,我可以通过以下方式将剂量或图像值拉出到阵列中:

import dicom

ds = dicom.read_file("dicom_file.dcm")

print ds.pixel_array

这非常简单,让我能够按照自己的意愿操纵图像/剂量.但是,通常您还有一个结构文件,其中包含不同的轮廓结构,您可以在图像查看器中查看这些结构或类似的结构.再次,非常简单.

我的问题是我也希望这些单独的结构也是一个数组.如果我运行相同的代码我就会得到TypeError: No pixel data found in this dataset.

我猜测结构DICOM文件不像剂量/图像DICOM文件那样"制作".

那么有一个我无法找到的解决方案吗？我也看了一下这个dicompyler_core软件包,但从我看到的情况来看,没有任何办法可以"只是"将不同的结构输出到数组中.

Answer 1

这是使用 pydicom 附带的 rtstruct.dcm 文件说明数据布局的交互式会话：

>>> import dicom
>>> ds = dicom.read_file("rtstruct.dcm", force=True)
>>> ds.dir("contour")
['ROIContourSequence']
>>> ctrs = ds.ROIContourSequence
>>> ctrs[0]
(3006, 002a) ROI Display Color                   IS: ['220', '160', '120']
(3006, 0040)  Contour Sequence   3 item(s) ----
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '5'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '1'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['-200.0', '150.0', '-20
0.0', '-200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '150.0
', '-200.0', '-200.0', '150.0', '-200.0']
   ---------
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '6'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '2'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['200.0', '-0.0', '-190.
0', '200.0', '-150.0', '-190.0', '-200.0', '-150.0', '-190.0', '-200.0', '150.0'
, '-190.0', '200.0', '150.0', '-190.0', '200.0', '-0.0', '-190.0']
   ---------
   (3006, 0042) Contour Geometric Type              CS: 'CLOSED_PLANAR'
   (3006, 0046) Number of Contour Points            IS: '6'
   (3006, 0048) Contour Number                      IS: '3'
   (3006, 0050) Contour Data                        DS: ['200.0', '-0.0', '-180.
0', '200.0', '-150.0', '-180.0', '-200.0', '-150.0', '-180.0', '-200.0', '150.0'
, '-180.0', '200.0', '150.0', '-180.0', '200.0', '-0.0', '-180.0']
   ---------
(3006, 0084) Referenced ROI Number               IS: '1'

数据存储（在这种情况下，像往常一样）作为每个平面的一组坐标。要获取一个轮廓的数据，对于一个平面，您可以使用

>>> ctrs[0].ContourSequence[0].ContourData
['-200.0', '150.0', '-200.0', '-200.0', '-150.0', '-200.0', '200.0', '-150.0', '
-200.0', '200.0', '150.0', '-200.0', '-200.0', '150.0', '-200.0']

这些是一个接一个的 (x, y, z) 坐标的三元组。

您可以找到有关StructureSetROISequence序列中每个轮廓（名称等）的更多信息，以参考 ROI 编号给出的索引。

通过循环遍历 ContourSequence 中特定轮廓的每个数据集并将它们一起附加到一个数组中，您可以获得所有这些的完整数组。