排序中的bash错误“排序：写入失败：标准输出：管道损坏”

Question

当我运行这个脚本时，我收到一条错误消息：“排序：写入失败：标准输出：管道损坏”

如果有人可以帮助我，那就太棒了，我要为这个错误发疯了

输入文件是一个文件列表，所有文件都包含 FASTA 格式的 DNA 序列，因此每个文件都有几个序列（每个序列在一行中），格式为：in $1 (Identifier) in $2,3,4,5， 9 美元（DNA 序列）中的 6,7&8（更多值）

然后我想通过每个文件中的序列数 ($common_hits) 选择每个序列（这个数字不是固定值，但我为示例设置了 6） - 必须删除少于 6 个序列的所有文件 - 文件与6个序列可以 - 超过6个序列的文件必须减少到6个序列（这些序列由字段$ 5的较高值选择）

输出文件必须包含所有 6 个序列，并且序列（字段 $9）必须在标识符之后的行中

我现在不会删除超过 6 个序列的原始文件，因为我想确保它有效

par_list=`ls -1 *BR`

common_hits="6"

for i in ${par_list}

do

   if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ]
   then
      rm -f ${i}
   elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ]
   then
      cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \
      awk '{print $1"    " $2"    " $3"    " $4"    " $5"    " $6"    " $7"           "$8 ; print $9}' > ${i}.ph 
   fi

done 

Answer 1

sort | head 如果head在sort写入其所有输出之前退出（或以其他方式关闭其标准输入），则始终报告错误（如果写入的流sort比 消耗的流长得多，则会发生这种情况head）。这是故意设计的：如果sort不能写出所有的输出，它就会失败；如果它忽略此类故障，它也会忽略由于其他原因（磁盘已满、网络连接断开等）而无法写入输出的情况。

这没有什么不寻常或不受欢迎的。如果您不关心错误，请忽略它，并检查管道输出的行数以确定您是否有错误情况。