为什么从rmarkdown渲染pdf需要在渲染之间关闭rstudio？

Question

背景

我正在尝试制作一个使用渲染的rmarkdown文档render().该render调用有两个参数化元素:

• 我希望用户能够指定pdf或html.直截了当使用output_format().
• 我还想将一个参数传递给文档,以指定表(使用kableExtra包)是否为latex或html.

这是名为test.Rmd的rmarkdown文件

---
title: "Title"
author: "Zzz Zzzzzz"
params:
  table_format:
    value
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(kableExtra)

options(knitr.table.format = params$table_format) 
```

## Test table

```{r cars}
if (params$table_format == "latex"){
kable(iris[1:100,], booktabs = T) %>%
  kable_styling(latex_options = c("scale_down")) 
}

if (params$table_format == "html"){
kable(iris[1:100,]) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))  %>%
  scroll_box(width = "500px", height = "600px")
}


params$table_format
```

现在这里有两个渲染文件的调用:

rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "pdf_document", params = list(
  table_format = "latex"
))


rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "html_document", params = list(
  table_format = "html"
))

问题

现在,如果我打开一个新的rstudio会话,我可以运行两个render调用没问题.创建.pdf或.html文件.但是,如果我再次尝试运行.pdf渲染,我会收到以下错误:

"C:/ Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"+ RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output test.pdf --template" C:\ Users\salbers\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex"--highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics = yes --variable "几何:margin = 1in"!未定义的控制序列.\ begin {tabular} {rrrrl}\toprule Sepal.Length&Sepal.Width&Pet ... l.267\end {tabular}}

pandoc.exe:生成PDF错误错误:pandoc文档转换失败,错误43另外:警告消息:正在运行命令'"C:/ Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"+ RTS -K512m -RTS test.utf8. md --to latex --from markdown + autolink_bare_uris + ascii_identifiers + tex_math_single_backslash --output test.pdf --template"C:\ Users\salbers\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17. 0.2.tex" - 高亮式探戈--latex-engine pdflatex - 变量图形=是 - 变量"几何:margin = 1in"'状态43

html渲染一次又一次正常工作.如果我关闭rstudio,然后浏览项目,pdf的渲染工作也很好.

题

• 谁能告诉我为什么我的pdf呈现的rmarkdown文档无法在rstudio的单个会话中呈现两次？
• 同样,为什么rstudio必须在渲染之间关闭？

Answer 1

2019-01-21更新:

编织按钮和render功能之间的最大区别之一是,编织按钮始终以"新环境"开始(我们都能感觉到),而render默认情况下,该功能始于parent.env().

render(input, ..., envir = parent.frame(), ...)

在功能文档中,我们看到了

envir   
The environment in which the code chunks are to be evaluated 
during knitting (can use new.env() to guarantee an empty new 
environment).

因此,我们可以knit通过放入envir = new.nev()渲染调用来模拟单击按钮的行为.

原答案:

嗯,让我先发布解决方案.要解决此问题,您需要在yaml部分中添加以下内容.我还在kableExtra_latex_packages()本周早些时候在开发版本中添加了一个函数来调出以下文本.

header-includes:
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage{longtable}
  - \usepackage{array}
  - \usepackage{multirow}
  - \usepackage[table]{xcolor}
  - \usepackage{wrapfig}
  - \usepackage{float}
  - \usepackage{colortbl}
  - \usepackage{pdflscape}
  - \usepackage{tabu}
  - \usepackage{threeparttable}
  - \usepackage[normalem]{ulem}

如果你很好奇为什么会有这种奇怪的行为,这里有一个简短的解释.当您首次加载kableExtrarmarkdown环境时,它将尝试使用此程序包附带的usepackage_latex() 函数将上面的LaTeX包信息放入rmarkdown元数据中.如果您只是点击编织按钮它可以正常工作,因为每个"编织+渲染"过程都应该被隔离.然而,令人惊讶的是(顺便提一下,正如我们在这里看到的那样),如果你试图从控制台渲染,因为(我的假设)knitr或rmarkdown试图重用一些缓存的结果,这个过程无法复制.事实证明,这些LaTeX包依赖关系没有被放入正在生成的tex文件中,最终会出现错误.如果你关闭RStudio并重新启动它,当然它的临时内存将会消失,你应该能够再次加载这些包.我觉得它可能是rmarkdown中与全局变量相关的错误.我想我们可以通过在render函数末尾添加一个"忘记元"部分来修复它,但我需要看一下.

部分原因是我没有提供过去版本中使用的LaTeX软件包的足够文档.现在,我在本周早些时候发布的kableExtra 0.5.0 的包装插图的最开头添加了一个关于这个问题的新章节.随意检查出来.另外,正如我之前所说,在当前的开发版本中,您可以使用该功能调出列表kableExtra_latex_packages().

Answer 2

在我的情况下,@ Hau的答案不起作用...我最终在每次渲染执行后管理卸载kableExtra包,如下所示:

rmarkdown::render('torender.Rmd')
detach("package:kableExtra", unload=TRUE)

应该也可以使用类似的东西来选择环境

rmarkdown::render('torender.Rmd',envir=new.env(some parameters))

哪个更干净......但我没有这样管理!