文件丢失时 SnakeMake 是否可以强制重新运行规则

Question

当删除管道中较早创建的文件时，SnakeMake 似乎并不认为这是一个问题，只要后面的文件还在：

rule All:
    input: "testC1.txt", "testC2.txt"

rule A:
    input: "{X}{Y}.txt"
    output: "{X}A{Y}.txt"
    shell: "cp {input} {output}"

rule B:
    input: "{X}A{Y}.txt"
    output: "{X}B{Y}.txt"
    shell: "cp {input} {output}"

rule C:
    input: "{X}B{Y}.txt"
    output: "{X}C{Y}.txt"
    shell: "cp {input} {output}"

将此 SnakeFile 保存在 test.sf 中并执行以下操作：

rm testA*.txt testB*.txt testC*.txt
echo "test1" >test1.txt
echo "test2" >test2.txt
snakemake -s test.sf
# Rerun:
snakemake -s test.sf
# SnakeMake says all is up to date, which it is.
# Remove intermediate results:
rm testA1.txt
# Rerun:
snakemake -s test.sf

SnakeMake 说一切都是最新的。它不会检测丢失的 testA1.txt。

我似乎记得在线 SnakeMake 手册中关于此的一些内容，但我再也找不到了。

我认为这是 SnakeMake 的预期行为。它有时可能是所需的行为，但有时您可能希望它检测并重建丢失的文件。如何才能做到这一点？

Answer 1

正如在另一个答案中提到的，该-R参数可以提供帮助，但还有更多选项：

强制重建整个工作流程

你打电话时

snakemake -F

这将触发整个管道的重建。这基本上意味着，忘记所有中间文件并重新开始。这肯定会（重新）生成所有中间文件。缺点是：可能需要一些时间。

强制执行特定规则

这是-R <rule>参数的领域。这将重新运行给定的规则和所有依赖于它的规则。所以在你的情况下

snakemake -R A -s test.sf

将重新规则A（构建testA1.txt从test.txt）和规则B，C和所有的，因为它们依赖于A.记住，这是运行要求的规则A的所有副本，所以在你的榜样testA2.txt，并从它下面的一切还重建.

如果在您的示例中，您会testB1.txt改为删除规则，B并且C会重新运行。

为什么会发生这种情况？

如果我没记错的话，snakemake 会检测文件是否需要通过其 utime 重建。因此，如果您有一个testA1.txt比 更年轻的版本（如最近创建的）testB1.txt，testB1.txt则必须使用 重建rule B，以确保一切都是最新的。因此，testA1.txt除非您以某种方式更改文件的 utime，否则您无法轻松地重建，除非同时构建所有后续文件。

我还没有试过这个，但这可以通过snakemakes--touch参数来完成。如果您设法只运行规则A然后运行snakemake -R B -t，它涉及规则的所有输出文件B和以下，您可以获得有效的工作流状态，而无需实际重新运行其间的所有步骤。

Answer 2

我不久前发现了这个关于/参数的线程，它可能会提供有用的信息。--forcerun-R

最终，如果您想重新生成该中间文件而不为其设置单独的规则或将其作为目标包含在内，则 Snakemake 将强制执行整个管道。