使OptimalCutpoints在R中工作

Question

我正在尝试确定连续变量的最佳临界值，以预测二进制结果。R包OptimalCutpoints似乎很理想，但我无法使其正常工作。

这是我在数据框“示例”中的数据

id  outcome value
200 Favorable   -75.2
201 Favorable   -34.0
202 Favorable   -35.2
203 Favorable   -23.3
204 Unfavorable -25.0
205 Favorable   -10.6
206 Favorable   -19.3
207 Favorable   0.0
208 Favorable   -149.8
209 Favorable   0.8
210 Favorable   9.6
211 Unfavorable 5.1
212 Favorable   -8.4
213 Favorable   -1.3
214 Favorable   0.0
215 Unfavorable 0.0
216 Favorable   -26.2
217 Favorable   -119.1
218 Favorable   7.2
219 Unfavorable -37.0

当我尝试跑步时

optimal.cutpoint.ROC01 <- optimal.cutpoints(X = "value", status = "outcome", tag.healthy = 'Favorable', methods = "ROC01", data = example)

我懂了

    Error: Unsupported index type: NULL
Traceback:

1. optimal.cutpoints(X = "value", status = "outcome", tag.healthy = "Favorable", 
 .     methods = "ROC01", data = example)
2. optimal.cutpoints.default(X = "value", status = "outcome", tag.healthy = "Favorable", 
 .     methods = "ROC01", data = example)
3. levels(data[, categorical.cov])
4. data[, categorical.cov]
5. `[.tbl_df`(data, , categorical.cov)
6. check_names_df(j, x)
7. check_names_df.default(j, x)
8. stopc("Unsupported index type: ", class(j)[[1L]])
9. abort(paste0(...))

不知道从这里去哪里。

Answer 1

我已经从OptimalCutpoints中看到了相同的“不支持的索引类型：NULL”错误，该错误与使用readxl库导入的数据集有关。readxl返回一个“ tibble”，它是data.frame的超集，具有一些额外的功能，例如，它可以处理列名中的标点符号。

一些较旧的软件包不喜欢小标题，当与它们一起出现时会抛出错误。在调用OptimalCutpoints之前，尝试将数据强制为常规data.frame

example <- as.data.frame(example)