使用树状图可视化层次聚类中的最低节点

Question

我正在linkage为大约 5000 个实例的数据集生成凝聚层次聚类。我想可视化层次结构中的“底部”合并，即靠近具有最小距离度量的叶子的节点。

不幸的是，dendrogram可视化更喜欢显示算法中最后一次合并的“顶部”节点。默认情况下，它显示前 30 个节点，折叠树的底部。我可以更改P值以显示更多节点，但我必须显示所有 5000+ 才能看到聚类的最低级别，此时绘图不再可读。

MCVE

例如，从linkage文档示例开始

openExample('stats/CompareClusterAssignmentsToClustersExample')
run CompareClusterAssignmentsToClustersExample
dendrogram(Z, 'Orient', 'Left', 'Labels', species);

生成一个树状图，其中前 30 个节点可见。带有数字标签的节点正在折叠树的较低级别。

我可以增加可见节点的数量以包含所有叶子，但会牺牲可读性。

dendrogram(Z, size(Z,1), 'Orient', 'Left', 'Labels', species);

我想要什么

我真正喜欢的是上面的放大版本，如下例所示，但显示前 30 个最近的集群。

我试过的

我尝试提供前 30 行的函数Z，

dendrogram(Z(1:30), 'Orient', 'Left');

但这会引发“索引超出矩阵维度”。当其中一行引用行中的集群 > 30 时出错。

我也尝试使用 dendrogramReorder属性，但我很难找到一个有效的排序，从最近到最远对集群进行排序。

%The Z matrix is in order from closest cluster to furthest, 
% so I can use it to create an ordering
Y = reshape(Z(:, 1:2)', 1, [])
Y = Y(Y<151);
dendrogram(Z, 30, 'Orient', 'Left', 'Labels', species, 'Reorder', Y);

我收到错误

在请求的节点排序中，图中属于同一叶子的一些数据点被属于其他叶子的点分开。尝试使用不同的顺序。

如果整个树都被计算，那么这种排序可能是不可能的，因为会有分支交叉，但我希望如果我只查看树的一部分和集群，会有更好的排序不考虑更高级别。

题

如何改进我的可视化以在树状图中显示最低级别的集群？

Answer 1

嗯...像 ylim() 一样？

dendrogram(Z, size(Z,1), 'Orient', 'Left', 'Labels', species);
ylim(max(ylim())-[30,0]);

产量