Linux bash 脚本中的模块加载命令

Question

我需要在 HPC 集群中执行 Python 脚本。不幸的是，默认的python版本只有2.6.6，并且没有numpy和scipy。

我可以在命令行中加载这些模块

#module load /home/hw1u16/modules/2.7.3

和

module load /home/hw1u16/modules/1.6.2

但是，当我像这样编写 bash 脚本时

module load /home/hw1u16/modules/2.7.3
module load /home/hw1u16/modules/1.6.2
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

它警告我

ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules' ModuleCmd_Load.c(200):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for '/home/hw1u16/modules' 我不知道出了什么问题，有人可以帮助我吗？

Answer 1

我遇到了类似的问题，找到了两种解决方案：

1. 您可以运行它，而不是使用sh yourscript.sh或运行脚本。这将正确获取模块并运行脚本./yourscript.sh. yourscript.sh

2. 如果您不想使用. yourscript.sh，您可以按照 DavidC 的答案中所述将 shebang 从 修改为#!/bin/sh，#!/bin/bash并将脚本运行为 注意./yourscript.sh，运行它sh yourscript.sh不会工作

Answer 2

好吧，我想我知道问题出在哪里了。尝试type module从 shell 中查看module它当前在您的系统中是如何定义的。您将收到两个选项：别名或函数。这是因为该module命令是aliasor shell function。

假设您的脚本如下running.sh：

#!/bin/bash  
module load python/2.7.3
python /home/hw1u16/project/trainAgent.py

（添加 shebang 是一个很好的做法）

要解决这个问题，您有两种选择：

• 选项1：

source脚本。换句话说，做：source running.sh。module这与直接在交互式 shell 中键入命令完全相同。但是，通过执行./running.sh，您将运行一个新的非交互式 shell。这些通常没有设置标准别名和 shell 函数。

• 选项2：

从脚本中找到定义module命令的初始化脚本source