Dendextend：关于如何根据定义的组为树状图的标签着色

Question

我正在尝试使用名为 dendextend 的出色 R 包来绘制树状图并根据一组先前定义的组为其分支和标签着色。我已经阅读了 Stack Overflow 中的答案以及 dendextend 小插图的常见问题解答，但我仍然不确定如何实现我的目标。

假设我有一个数据框，其中第一列包含用于聚类的个人姓名，然后是几列包含要分析的因素，最后一列包含每个人的组信息（见下表） .

individual  282856  282960  283275  283503  283572  283614  284015  group
pat15612    0   0   0   0   0   0   0   g2
pat38736    0   0   0   0   0   0   0   g2
pat38740    0   0   0   0   0   1   0   g2
pat38742    0   0   0   0   0   1   0   g4
pat38743    0   0   1   0   0   1   0   g3
pat38745    0   0   1   0   1   0   0   g4
pat38750    0   0   0   1   0   1   0   g4
pat38753    0   0   0   1   0   0   0   g3
pat40120    0   0   0   0   1   0   0   g4
pat40124    0   0   0   0   1   0   0   g4
pat40125    0   0   0   0   1   1   0   g4
pat40126    0   0   0   1   0   0   0   g4
pat40137    1   0   0   0   0   0   0   g4
pat40142    0   1   0   0   0   0   0   g5
pat46903    0   0   0   0   0   1   0   g1
pat67612    1   0   0   0   1   0   0   g1
pat67621    0   0   0   0   0   0   0   g2
pat67630    0   0   1   0   0   0   0   g2
pat67634    0   0   0   0   0   0   0   g5
pat67657    0   1   0   1   0   0   0   g5
pat67680    0   0   0   0   0   1   0   g5
pat67683    0   0   1   1   0   0   0   g6

我如何根据每个人所属的组为代表每个人的分支和标签着色，即使它们可能聚集在不同的块中？

如果可以实现，有没有办法定义分配给每个组的颜色？

Answer 1

我很高兴你自己解决了这个问题。更简单的解决方案是order_value = TRUE在set函数中使用参数。例如：

library(dendextend)
iris2 <- iris[,-5]
rownames(iris2) <- paste(iris[,5],iris[,5],iris[,5], rownames(iris2))
dend <- iris2 %>% dist %>% hclust %>% as.dendrogram
dend <- dend %>% set("labels_colors", as.numeric(iris[,5]), order_value = TRUE) %>%
        set("labels_cex", .5)
par(mar = c(4,1,0,8))
plot(dend, horiz = T)

将导致（如您所见，标签的颜色基于 iris 数据集中的另一个变量“物种”）：

（ps：我将一个物种出现的次数增加了两倍，以便更容易看出颜色与标签长度的关系）