加速 RcppArmadillo：如何在 R 包中链接到 OpenBlas

Question

我正在研究使用 RcppArmadillo 的 R 包。我正在尝试利用 OpenBLAS 中更快的矩阵乘法。在C++ armadillo 库的文档中，它说如果我们的机器上有 OpenBLAS，那么 Armadillo 将使用 OpenBLAS 而不是 BLAS。但是，当我编译我的 R 包时，我得到如下信息：

g++ -m64 -std=c++11 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,-z,relro -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld -o PackageTest.so class1.o class2.o class3.o class4.o class5.o class6.o class7.o RcppExports.o class8.o class9.o class10.o -L/usr/lib64/R/lib -lRlapack -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib64/R/lib -lR

所以它是用-lRlapack和-lRblas选项编译的。如何正确修改Makevars和Makevars.win文件以让 RcppArmadillo 使用选项编译包-lopenblas？我解决这个问题的尝试是Makevars通过以下方式修改文件：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
PKG_CXXFLAGS =-fopenmp -std=c++11 -lopenblas
PKG_CXX1XFLAGS = $(PKG_CXXFLAGS)

该包确实使用 编译-lopenblas，但这是最好的方法吗？

Answer 1

这是您的 RedHat 安装的问题，它在安装 R 时选择依赖 R 的内部 LAPACK 源 — 再加上 RcppArmadillo 使用 R 使用的任何内容这一事实。

在我的基于 Debian/Ubuntu 的机器上，情况有所不同。即对于

R> library(Rcpp)
R> cppFunction("arma::mat foo(arma::mat x) { return x + x;} ", depends="RcppArmadillo", verbose=TRUE)

我得到（除其他外）

g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions \
    -Wl,-z,relro -o sourceCpp_4.so file677111d81351.o \
    -fopenmp -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath \
    -L/usr/lib/R/lib -lR

我们看到了-llapack -lblas -lgfortran预期的结果。