如何在h5py文件中列出数据集？

Question

我有一个存储numpy数组的h5py文件,但是Object doesn't exist error当我尝试使用我记得的数据集名称打开它时,我有一种方法可以列出文件的数据集吗？

   with h5py.File('result.h5','r') as hf:
        #How can I list all dataset I have saved in hf?

Answer 1

其他答案只是告诉您如何制作根组下的键列表，这些键可能会引用其他组或数据集。

如果你想要更接近 h5dump 但在 python 中的东西，你可以这样做：

import h5py

def descend_obj(obj,sep='\t'):
    """
    Iterate through groups in a HDF5 file and prints the groups and datasets names and datasets attributes
    """
    if type(obj) in [h5py._hl.group.Group,h5py._hl.files.File]:
        for key in obj.keys():
            print sep,'-',key,':',obj[key]
            descend_obj(obj[key],sep=sep+'\t')
    elif type(obj)==h5py._hl.dataset.Dataset:
        for key in obj.attrs.keys():
            print sep+'\t','-',key,':',obj.attrs[key]

def h5dump(path,group='/'):
    """
    print HDF5 file metadata

    group: you can give a specific group, defaults to the root group
    """
    with h5py.File(path,'r') as f:
         descend_obj(f[group])

Answer 2

由于使用该keys()函数只会为您提供顶级键，并且还将包含组名称以及数据集（正如Seb已经指出的那样），因此您应该使用该visit()函数（如jasondet建议的那样）并仅保留指向数据集的键。

这个答案是jasondet和Seb的答案的合并，对一个简单的函数进行了处理：

def get_dataset_keys(f):
    keys = []
    f.visit(lambda key : keys.append(key) if isinstance(f[key], h5py.Dataset) else None)
    return keys

Answer 3

如果要列出键名,则需要使用keys()方法为您提供键对象,然后使用list()方法列出键:

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    dataset_names = list(hf.keys())

Answer 4

您必须使用keys方法。这将为您提供数据集和组名称的Unicode字符串列表。例如：

Datasetnames=hf.keys()

另一种基于gui的方法是使用HDFView。 https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html

Answer 5

如果您在命令行，请使用h5ls -r [file]或h5dump -n [file]按照其他人的建议。

在 python 中，如果你想在最上面的组下面列出但你不想编写自己的代码来下降树，请尝试访问（）函数：

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visit(print)

或者对于更高级的东西（例如包含属性信息），请使用visititems：

def printall(name, obj):
    print(name, dict(obj.attrs))

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visititems(printall)