mpirun 保留重定向的标准输出

Question

我在集群中运行。我尝试用 4 种不同的形式运行我的可执行文件：

1. 在串行中，与

   myexec
   

   stdout正如预期的那样，这立即开始提供输出。

2. 在串行中，重定向stdout和stderr，与

   myexec > out-err.log 2>&1
   

   out-err.log正如预期的那样，这立即开始提供输出（cat out-err.log在另一个终端中验证）。

3. 同时，与

   mpirun -n 2 myexec
   

   stdout正如预期的那样，这立即开始提供输出。

4. 同时，重定向stdout和stderr，与

   mpirun -n 2 myexec > out-err.log 2>&1
   

   这将保留输出直到作业完成（由于完成或时间限制）。

在情况 4 中，有没有办法在运行时“刷新”stdout/stderr，以便我可以检查out-err.log？

Answer 1

这是 mpi 中重定向的一个已知功能/问题。我找到了解决这个问题的方法：

1. 添加,export OMPI_MCA_opal_event_include=poll或~/.bashrc

2. 添加（如果目录和/或文件不存在，则创建它们）opal_event_include=poll。~/.openmpi/mca-params.conf

用于获取信息的来源是：

https://www.cfd-online.com/Forums/openfoam-installation/162664-openfoam-2-4-0-openmpi-epoll-warning-parallel-job.html

https://github.com/open-mpi/ompi/issues/341

https://www.open-mpi.org/doc/v2.0/man1/mpirun.1.php#sect20