如何在R中绘制具有多个分类变量的平行坐标

Question

使用ggparcoordGGally包中的绘制平行坐标图时,我遇到了困难.由于有两个分类变量,我想在可视化中显示的内容如下图所示.我发现,在ggparcoord,groupColumn只允许一个单一的变量由组(颜色),且可靠地我可以使用showPoints标记在轴上的值,但我还需要改变这些标记物的形状根据分类变量.还有其他包可以帮助我实现我的想法吗？

任何回复将不胜感激!谢谢!

Answer 1

在ggplot2中滚动自己的平行坐标图并不难，这将使您可以灵活地自定义外观。下面是使用内置diamonds数据框的示意图。

要获取平行坐标，您需要添加一ID列，以便标识数据框的每一行，我们将其用作groupggplot中的美观元素。您还需要scale数字值，以便在绘制它们时它们都在同一垂直比例上。然后，您需要将x轴上想要的所有列都整形为“ long”格式。我们与tidyverse/dplyr管道操作员一起快速进行所有操作。

即使在限制类别组合的数量之后，这些线条也可能太缠结，以致于该图不容易理解，因此请仅将其视为“概念证明”。希望您可以使用数据创建一些更有用的东西。我在下面使用colour（线条）和fill（要点）美学。您可以根据需要使用shape或linetype替代。

library(tidyverse)
theme_set(theme_classic())

# Get 20 random rows from the diamonds data frame after limiting
#  to two levels each of cut and color
set.seed(2)
ds = diamonds %>% 
  filter(color %in% c("D","J"), cut %in% c("Good", "Premium")) %>%
  sample_n(20)

ggplot(ds %>% 
         mutate(ID = 1:n()) %>%             # Add ID for each row
         mutate_if(is.numeric, scale) %>%   # Scale numeric columns
         gather(key, value, c(1,5:10)),     # Reshape to "long" format
       aes(key, value, group=ID, colour=color, fill=cut)) +
  geom_line() +
  geom_point(size=2, shape=21, colour="grey50") +
  scale_fill_manual(values=c("black","white"))

我以前没有使用ggparcoords过，但是似乎很简单的唯一选项（至少在我第一次尝试使用该功能时）是将两列数据粘贴在一起。下面是一个例子。即使只有四个类别组合，该图也会造成混淆，但是如果您的数据中存在强大的模式，则可能是可以解释的：

library(GGally)

ds$group = with(ds, paste(cut, color, sep="-"))

ggparcoord(ds, columns=c(1, 5:10), groupColumn=11) +
  theme(panel.grid.major.x=element_line(colour="grey70"))