R 中的“pheatmap”中没有边框颜色

Question

我正在探索 R 来分析我的基因表达数据。

我可以使用该pheatmap包创建一个漂亮的热图。但是，在不同颜色的框之间转换时，它会自动引入边框颜色，我在放大后可以看到该边框颜色。尽管添加了属性 ，但还是如此border_color = "NA"。是否可以获得连续变化的热图？谢谢。

我的代码：

 pheatmapM <-pheatmap(datExprM, border_color = "NA", breaks = NULL, color = colorRampPalette(c("navy", "black", "yellow"))(50), cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row")

正如您在下面看到的（缩放后），相邻的框由较浅的颜色分隔。

Answer 1

您可以单独编辑每个单元格的边框颜色，这可以用来解决这个问题。确切的解决方案将取决于pheatmap对象的确切组成。

首先，获取存储在热图中的 grobs（图形对象）的名称。您需要抓住与热图的各个矩形（单元格）相对应的矩形。对我来说，这是第一堂课gTree，但请尝试看看哪一个适合您。这就是我提取 grob 名称的方法：

grob_classes <- purrr::map(pheatmapM$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]

接下来，我们需要找到一个矩形 grob，它是gTree我们刚刚找到的 grob 的子级，如下所示：

grob_names <- names(pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

现在，您可以从这个嵌套的 grob 中提取图形参数：（fill确定每个单元格的实际填充颜色）和col（确定边框颜色）。默认情况下，col是单个值，而fill是十六进制代码矩阵。当我替换col为存储在中的内容时fill，就像这样......

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill

...这相当于消除边框，因为它现在与填充颜色相同。为了进一步确保单元格之间不留间隙，还应增加边界厚度。

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

据我估计，识别正确的idx_grob或idx_rect特定的 .可能会出现潜在的问题pheatmap。因此，我提供了一个可重现的示例（在macOS 上R 4.0.3运行pheatmap 1.0.12），它可以实现所需的结果（没有边框，单元格之间也没有间隙），您可以使用它来开始：

set.seed(1)

## Generate sample data
x <- table(round(rnorm(500, 100, 2)), round(rnorm(500, 100, 2)))
ph <- pheatmap::pheatmap(x, cluster_cols = FALSE, cluster_rows = FALSE)

## Extract the right grob
grob_classes <- purrr::map(ph$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
grob_names <- names(ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

## Remove borders around cells
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

## Plot result
graphics::plot.new()
print(ph)

结果应该是这样的：