编织为 pdf 时，ggplot2 条形图中出现不需要的条纹

Question

当将简单的条形图编织为 pdf 时，我的条形图中出现了一些不需要的条纹（请参见所附屏幕截图的右侧）。

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title: "Don't Panic"
author: "Ford Perfect"
output: pdf_document
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```{r, include = F}
library(ggplot2)
```

# Introduction

```{r, echo = F, fig.cap = "My plot"}
ggplot(mpg) + geom_bar(aes(x = as.factor(cyl), y = hwy), stat="identity")
```

当我直接在 R-Studio 中创建绘图时，这些条纹不会出现（请参见所附屏幕截图的左侧）。

我找到了一种通过聚合之前的数据来删除这些条纹的方法：

ggplot(aggregate(hwy~cyl,mpg,"sum")) + 
  geom_bar(aes(x = as.factor(cyl), y = hwy), stat="identity")

所以我知道这些条纹应该来自堆叠数据集中的所有其他组。这个理论似乎是合理的，因为当我按年份聚合数据集时，我得到了两条条纹（mpg 数据集中有 2 个唯一值）。

ggplot(aggregate(hwy~cyl*year,mpg,"sum")) + 
  geom_bar(aes(x = as.factor(cyl), y = hwy), stat="identity")

但我认为当我将stat设置为Identity时，ggplot2 会自动为我进行聚合？实际上它可以直接在 R-Studio 中运行。那么也许这个问题与knitr有更多关系？

我确实相信我过去没有遇到过同样的问题。那么也许更新后有些东西发生了变化？实际上我所有的同事（另外 6 台 mac 和 windows 电脑）都有完全相同的问题。

R 版本 3.4.0 (2017-04-21)
平台：x86_64-w64-mingw32/x64（64 位）
ggplot2：2.2.1
knit：1.15.1

Answer 1

正如评论中所述，图形的文件类型会影响图形在输出 pdf 中的呈现方式。

使用提供的块：

```{r, echo = F, fig.cap = "My plot"}
ggplot(mpg) + geom_bar(aes(x = as.factor(cyl), y = hwy), stat="identity")
```

默认dev为 pdf，pdf 中生成的图形如问题帖子中所示：

如果您明确使用dev，如下面的块所示，那么将生成一个 png，并且生成的 pdf 中的图像将如您所愿。

```{r, echo = F, fig.cap = "My plot", dev = "png"}
ggplot(mpg) + geom_bar(aes(x = as.factor(cyl), y = hwy), stat="identity")
```