Cle*_*leb 7 python performance numpy vectorization
我有一个像这样的numpy数组
import numpy as np
ar = np.array([1, 2, 3, 4])
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我想创建一个如下所示的数组:
array([[4, 1, 2, 3],
[3, 4, 1, 2],
[2, 3, 4, 1],
[1, 2, 3, 4]])
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因此,每行对应于ar
行指数+ 1的移位.
简单的实现可能如下所示:
ar_roll = np.tile(ar, ar.shape[0]).reshape(ar.shape[0], ar.shape[0])
for indi, ri in enumerate(ar_roll):
ar_roll[indi, :] = np.roll(ri, indi + 1)
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这给了我想要的输出.
我的问题是,是否有一种更聪明的方法来避免循环.
这是一种使用NumPy strides
基本填充和剩余元素的方法,然后strides
帮助我们非常有效地创建移位版本 -
def strided_method(ar):
a = np.concatenate(( ar, ar[:-1] ))
L = len(ar)
n = a.strides[0]
return np.lib.stride_tricks.as_strided(a[L-1:], (L,L), (-n,n))
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样品运行 -
In [42]: ar = np.array([1, 2, 3, 4])
In [43]: strided_method(ar)
Out[43]:
array([[4, 1, 2, 3],
[3, 4, 1, 2],
[2, 3, 4, 1],
[1, 2, 3, 4]])
In [44]: ar = np.array([4,9,3,6,1,2])
In [45]: strided_method(ar)
Out[45]:
array([[2, 4, 9, 3, 6, 1],
[1, 2, 4, 9, 3, 6],
[6, 1, 2, 4, 9, 3],
[3, 6, 1, 2, 4, 9],
[9, 3, 6, 1, 2, 4],
[4, 9, 3, 6, 1, 2]])
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运行时测试 -
In [5]: a = np.random.randint(0,9,(1000))
# @Eric's soln
In [6]: %timeit roll_matrix(a)
100 loops, best of 3: 3.39 ms per loop
# @Warren Weckesser's soln
In [8]: %timeit circulant(a[::-1])
100 loops, best of 3: 2.03 ms per loop
# Strides method
In [18]: %timeit strided_method(a)
100000 loops, best of 3: 6.7 µs per loop
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制作副本(如果你想进行更改而不只是用作只读数组)不会对我们的strides
方法造成太大的伤害-
In [19]: %timeit strided_method(a).copy()
1000 loops, best of 3: 381 µs per loop
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现有的两个答案都很好;如果您已经在使用 scipy,则可能只会对这个答案感兴趣。
您描述的矩阵称为循环矩阵。如果您不介意对 scipy 的依赖,您可以使用以下方法scipy.linalg.circulant
创建一个:
In [136]: from scipy.linalg import circulant
In [137]: ar = np.array([1, 2, 3, 4])
In [138]: circulant(ar[::-1])
Out[138]:
array([[4, 1, 2, 3],
[3, 4, 1, 2],
[2, 3, 4, 1],
[1, 2, 3, 4]])
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