在Dockerfile中从Github添加R包以进行安装

Question

如何使用github和我的Dockerfile为R包添加安装指令.

R环境中的常用命令是:

devtools::install_github("smach/rmiscutils")

但到目前为止没有成功.试图将github repo添加到安装说明中:

RUN install2.r --error \ 
    -r 'http://cran.rstudio.com' \
    -r 'http://github.com/smach/rmiscutils' 

但是我收到一个错误:

error in download. Status was '404 Not found'

也许使用vanilla R调用但无法计算命令.任何提示？

Answer 1

试试这个:

RUN installGithub.r smach/rmiscutils \
&& rm -rf /tmp/downloaded_packages/

一个好的做法是删除所有下载的包以减少图像大小.

从Bioconductor安装时添加命令(如果有人到此处搜索帮助)

RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \
    phyloseq \
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/