生物信息学的数据结构

lms*_*asu 10 bioinformatics data-structures

参与生物信息学的人应该知道哪些数据结构?我想,任何人都应该知道的名单,哈希,平衡树等,但我希望有特定领域的数据结构.有没有专门讨论这个主题的书?

Yin*_*Zhu 6

生物信息学中使用的最基本的数据结构是字符串.还有一系列表示字符串的不同数据结构.像字符串匹配这样的算法基于有效的表示/数据结构.

关于这一点的综合性工作是Dan Gusfield的字符串,树和序列算法


Raf*_*ler 5

许多关于生物信息学的介绍性书籍将涵盖您将使用的一些基本结构。我不确定标准教科书是什么,但我相信你能找到。查看一些特定于语言的书籍可能会很有用:

我选择这两个作为示例,因为它们由 O'Reilly 出版,根据我的经验,O'Reilly 出版了高质量的书籍。

我碰巧在我的硬盘上有一本 Python 书,其中有很多关于使用 Python 处理生物信息学字符串的内容。生物信息学似乎没有使用任何花哨的特殊数据结构,只是使用现有的数据结构。