使用include = F作为knitr的全局选项似乎可以抑制最终html报告中的绘图生成

Lin*_*ina 6 plot r knitr

我曾经使用Rstudio和knitr生成报告,并在markdown文件的开头设置了以下选项:

```{r global_options, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, 
                      warning = FALSE, 
                      messages = FALSE, 
                      include=FALSE)
```
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

在不同块中生成的图将按预期呈现.

但是,截至几天前,如果我将include=FALSE选项包含为块设置,我的报告似乎不会在html报告中呈现图表.如果我删除了这个语句,它们会出现(但是之后还有一堆其他难看的消息也被##打印出来).

报告的目标受众对##消息或代码不感兴趣,主要是情节和一些纯文本说明和表格.

  1. 代码块的使用是否已更改?
  2. 为此目的使用的适当的块选项集是什么?

更新:

我使用的原因include = FALSE是因为我在这里找到的信息:https://yihui.name/knitr/options/

... include:(TRUE;逻辑)是否在最终输出文档中包含块输出; 如果include = FALSE,则不会将任何内容写入输出文档,但是如果块中有任何绘图,代码仍然会被评估并生成绘图文件,因此您可以手动插入数字...

我很困惑因为现在当我使用include = FALSE我的阴谋时会失踪.

R sessionInfo()

## R version 3.3.1 (2016-06-21)
## Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
## Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)
## 
## locale:
## [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] backports_1.0.5 magrittr_1.5    rprojroot_1.2   formatR_1.4    
##  [5] tools_3.3.1     htmltools_0.3.5 yaml_2.1.13     Rcpp_0.12.7    
##  [9] stringi_1.1.2   rmarkdown_1.3   knitr_1.14      stringr_1.1.0  
## [13] digest_0.6.10   evaluate_0.10
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

J_F*_*J_F 2

要查看绘图但没有代码,您可以使用:

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, 
                      warning = FALSE, 
                      messages = FALSE, 
                      include = TRUE,
                      results = "hide")
```
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

对我来说,你看不到情节并不奇怪,因为include = TRUE会抑制代码和情节。在新设置中,您可以隐藏代码但显示绘图。