将R编织为PDF时限制消息输出

Question

我有一个报告进度的功能message().在正常使用下,这是可取的,并且suppressMessages()如果需要,可以通过消息来抑制消息.

但是,我正在编写一个调用此函数的插图(在Rmarkdown中),结果包括这些进度更新的完整页面.我想包括前几行消息,但不要浪费整整一页.有没有办法配置这个？

我已尝试传递chunk选项R.options=list(max.print=10),如此处的另一个答案所示,但这似乎不适用于消息.或者至少,不是在这种情况下,在每个函数内一次生成一个或两个实际消息,但该函数被称为循环的一部分.

我正在使用的一般结构是:

function1 <- function(file.list){
    res <- list()
    for(i in seq_along(file.list)){
        message("processing ", file.list[i])
        res[i] <- function2(file.list[i])
    }
}

function2 <- function(file){
    message("analyzing ", file)
    tryVal <- try(res <- analysisFunction(file), silent = TRUE)
    if(inherits(tryVal, "try-error")){
       message("*** problem with ", file, " ***")
    } else {
      ## additional processing
    }
    return(res)
}

降价块看起来像这样:

```{r batchFlowHist, R.options=list(max.print=10)}
batch1 <- function1(flowPloidyFiles)
```

我希望我的插图能够显示处理的前几个文件中的消息,而不是整个循环.有办法做到这一点吗？

Answer 1

事实证明,knitr已经通过message参数支持了这一点.链接的答案表明它不起作用,但由于发布了它必须已添加.所以以下解决了我的问题:

```{r batchFlowHist, message = 1:10}
batch1 <- function1(flowPloidyFiles)
```