如何在R中的dplyr链中添加进度条

Question

我喜欢dplyr的"progress_estimated"功能,但我无法弄清楚如何在dplyr链中使用进度条.我在这里放置了一个代码可重复的示例.

我有一个非常大的data.frame像这样:

                cdatetime latitude longitude   
1 2013-01-11 06:40:00 CST 49.74697 -93.30951
2 2013-01-12 15:55:00 CST 49.74697 -93.30951 
3 2013-01-07 20:30:00 CST 49.74697 -93.30951 

我想用图书馆计算每个日期的日出时间

library(dplyr)
library(StreamMetabolism)

我可以让dplyr的progress_estimated栏在循环中工作,例如:

丑陋的循环(工程)

p <- progress_estimated(nrow(test))

for (i in 1:nrow(test)){
  p$tick()$print()
  datetime = as.POSIXct(substr(test$cdatetime[i], 1, 20), tz = "CST6CDT")
  test$sunrise[i] <- sunrise.set(test$latitude[i], test$longitude[i], datetime, "CST6CDT", num.days = 1)[1,1]
}

但是我怎么能把它嵌入我的函数中,所以我可以避免使用循环？

更喜欢使用:

SunriseSet <- function(dataframe, timezone){
  dataframe %>% 
    rowwise() %>% 
    mutate(# calculate the date-time using the correct timezone
      datetime = as.POSIXct(substr(cdatetime, 1, 20), tz = timezone),
      # Get the time of sunrise and sunset on this day, at the county midpoint
      sunrise = sunrise.set(latitude, longitude, datetime, timezone, num.days = 1)[1,1])
}

如何获得进度条？

test2 <- SunriseSet(test, "CST6CDT")

这是一些示例数据:

test <- data.frame(cdatetime = rep("2013-01-11 06:40:00", 300),
                   latitude = seq(49.74697, 50.04695, 0.001),
                   longitude = seq(-93.30951, -93.27960, 0.0001))

Answer 1

而不是使用rowwise()，也许尝试配对map*的功能purrr与progress_estimated()。此答案遵循https://rud.is/b/2017/03/27/all-in-on-r%E2%81%B4-progress-bars-on-first-post/中的方法。

首先，将您的函数包装在另一个更新进度条的函数中：

SunriseSet <- function(lat, long, date, timezone, num.days, .pb = NULL) {
  if (.pb$i < .pb$n) .pb$tick()$print()
  sunrise.set(lat, long, date, timezone, num.days)
}

然后，使用pmap或迭代输入pmap_df（将输出绑定到数据框）：

library(purrr)
pb <- progress_estimated(nrow(test), 0)
test2 <- test %>% 
  mutate(
    sunrise = pmap_df(
      list(
        lat = latitude, 
        long = longitude,
        date = as.character(cdatetime)
      ),
      SunriseSet,
      timezone = "CST6CDT", num.days = 1, .pb = pb
    )$sunrise
  )