尽管 shebang，qsub 仍在 csh 中执行我的 bash 脚本

Question

我想向我大学的 Sungrid 计算集群提交一个 bash 脚本，以循环运行可执行文件。当我登录服务器时，我处于 ​​bash 中：

$ echo $SHELL
/bin/bash

我在传递给 qsub 的脚本顶部添加了一个 bash shebang：

$ cat shell_sub
#!/bin/bash
#$ -N bSS_s13
#$ -o logs/bSS_s13.log
#$ -j y
#$ -cwd

echo $SHELL > shell.txt

但是当我提交上面的脚本时：

qsub shell_sub

它而是在 csh 中执行：

$ cat shell.txt
/bin/csh

如何强制 qsub 使用 bash 而不是 csh 执行我的脚本？

Answer 1

您的队列很可能配置为shell_start_mode并且posix_compliant定义shell列出为/bin/csh（这是默认值）。要检查这一点：

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$ qconf -sq <name-of-queue> | grep shell\nshell                 /bin/bash\nshell_start_mode      unix_behavior\n

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如果您不知道队列的名称，它可能是all.q。

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• 如果shell_start_mode是posix_compliant，那么 shebang 行将被忽略，并且作业（如果它不是以二进制形式提交：）-b y将使用由shell ） 。\n\n
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  • 为什么？从手册页：“POSIX 不认为第一个脚本行注释，例如 \xe2\x80\x98#!/bin/csh\xe2\x80\x99 是重要的。批量排队系统的 POSIX 标准 (P1003.2d)因此需要一个兼容的排队系统来忽略这些行，而是使用用户指定或配置的默认命令解释器。”
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• 如果shell_start_mode是unix_behavior，则使用 shebang 行来确定作业的 shell。
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您可以要求管理员考虑更改队列设置。

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